SDF Writer

Input Ports

A table with at least an SDF or Mol column

Output Ports

This node has no output ports

Popular Predecessors

• Column Filter6 %
• Row Filter (deprecated)5 %
• Joiner4 %
• RDKit To Molecule4 %
• MolConverter3 %
• Concatenate3 %
• RDKit From Molecule2 %
• SDF Reader2 %
• Column Rename2 %
• Molecule Type Cast1 %
• SDF Stripper1 %
• Column Appender1 %
• OpenBabel1 %
• Duplicate Row Filter1 %
• Row Splitter (deprecated)1 %
• Column Resorter1 %
• RDKit Descriptor Calculation1 %
• Reference Row Filter1 %
• Sorter1 %
• GroupBy1 %
• Partitioning< 1 %
• String To Number< 1 %
• Constant Value Column< 1 %
• String Manipulation< 1 %
• Rule-based Row Filter< 1 %
• RDKit Substructure Filter< 1 %
• RDKit Diversity Picker< 1 %
• MAE-to-SD< 1 %
• CDK to Molecule< 1 %
• RDKit Canon SMILES< 1 %
• Math Formula< 1 %
• Column Splitter< 1 %
• Molecule Converter (Naomi)< 1 %
• Table Row to Variable< 1 %
• Missing Value< 1 %
• Column Renamer< 1 %
• RDKit Generate Coords< 1 %
• RDKit Salt Stripper< 1 %
• RDKit Optimize Geometry< 1 %
• HiLite Row Splitter< 1 %
• Molecular Properties< 1 %
• RowID< 1 %
• Advanced MolConverter< 1 %
• RDKit Molecule Substructure Filter< 1 %
• CSV Reader< 1 %
• Reference Row Splitter< 1 %
• Excel Reader (XLS)< 1 %
• RDKit Molecule Catalog Filter< 1 %
• SDF Extractor< 1 %
• MoSS MCSS Molecule Similarity< 1 %
• Read MDB< 1 %
• RDKit Molecule Highlighting< 1 %
• Table Row To Variable Loop Start< 1 %
• Scorer< 1 %
• SDF Inserter< 1 %
• SDF Writer< 1 %
• RDKit Functional Group Filter< 1 %
• Numeric Binner< 1 %
• Loop End< 1 %
• Table Manipulator< 1 %
• Chemical Structures File Reader< 1 %
• Split Collection Column< 1 %
• Column Auto Type Cast< 1 %
• CIR< 1 %
• Create File/Folder Variables< 1 %
• Compute LeadIT Docking< 1 %
• Organic Splitter< 1 %
• Row Sampling< 1 %
• String Manipulation (Variable)< 1 %
• XLS Writer< 1 %
• 3D Coordinates< 1 %
• Chemical Terms< 1 %
• Table Column to Variable< 1 %
• CSV Reader< 1 %
• Database Reader< 1 %
• Loop End (2 ports)< 1 %
• Chunk Loop Start< 1 %
• Hierarchical Cluster Assigner (local)< 1 %
• Cell Splitter< 1 %
• Pivot< 1 %
• Rule Engine< 1 %
• Molecule Filter (Naomi)< 1 %
• String-to-Type< 1 %
• Create Folder< 1 %
• Standardizer< 1 %
• Substructure Matcher< 1 %
• PCA< 1 %
• Column Merger< 1 %
• String Replacer< 1 %
• Counter Generation< 1 %
• Column Expressions< 1 %
• Java Snippet Row Splitter< 1 %
• RDKit Add Hs< 1 %
• RDKit Interactive Table< 1 %
• RDKit Molecule Extractor< 1 %
• Smiles Reader< 1 %
• PMI Calculation< 1 %
• Row Filter (Labs)< 1 %
• RDKit SMILES Headers< 1 %
• Excel Reader< 1 %
• Molecule-to-MAE< 1 %
• Duplicate Filter< 1 %
• MCS Scaffold Finder< 1 %
• Breakpoint< 1 %
• File Reader< 1 %
• Loop End< 1 %
• Hierarchical Clustering< 1 %
• Expand Bit Vector< 1 %
• Cell Replacer< 1 %
• Value Counter< 1 %
• Merge Variables< 1 %
• Java Edit Variable (simple)< 1 %
• Java Snippet Row Filter< 1 %
• Standardize< 1 %
• RDKit Aromatizer< 1 %
• RDKit From InChI< 1 %
• CDD Export< 1 %
• Hydrogen Adder< 1 %
• SDF Reader< 1 %
• logD< 1 %
• Major Microspecies< 1 %
• pKa< 1 %
• Table Row to Variable< 1 %
• Cache< 1 %
• Hydrogen Manipulator< 1 %
• Collection to String< 1 %
• File Reader< 1 %
• External Tool< 1 %
• Path to String (Variable)< 1 %
• String to Path (Variable)< 1 %
• Python Script< 1 %
• MacroModel Minimization< 1 %
• Feature Remover< 1 %
• Substructure Match Counter< 1 %
• MarvinSketch< 1 %
• Create File Name (legacy)< 1 %
• Table Row to Variable< 1 %
• Table Creator< 1 %
• Column Combiner< 1 %
• Column Rename (Regex)< 1 %
• Nominal Value Row Filter< 1 %
• Joiner< 1 %
• Number Rounder< 1 %
• Parallel Chunk End< 1 %
• XLS Reader< 1 %
• Java Snippet (simple)< 1 %
• Structure Converter< 1 %
• Lipinski's Rule-of-Five< 1 %
• 3D WHIM< 1 %
• Substructure Search< 1 %
• RDKit MCS< 1 %
• RDKit Fingerprint< 1 %
• RDKit To InChI< 1 %
• Chemical Space Searcher (FTrees)< 1 %
• ICon< 1 %
• Substructure Search< 1 %
• Uffmin< 1 %
• Number to String< 1 %
• String Manipulation (Multi Column)< 1 %
• RDKit Two Component Reaction< 1 %
• Principal Moment of Intertia (PMI)-Derived Properties< 1 %
• Fingerprints Expander< 1 %
• Table Column to Variable< 1 %
• Table Row to Variable Loop Start< 1 %
• Column Appender< 1 %
• Top k Row Filter< 1 %
• Merge Variables< 1 %
• LIBSVMPredictor< 1 %
• Tile View (JavaScript)< 1 %
• File Reader (Complex Format)< 1 %
• Convert Molecules with Naomi< 1 %
• Reaction Product Enumerator< 1 %
• Remove Duplicate Molecules< 1 %
• Wash< 1 %
• XedMin< 1 %
• Dearomatizer< 1 %
• Generate 2D Coordinates< 1 %
• Murcko Scaffold< 1 %
• MolCalcProp< 1 %
• LigPrep< 1 %
• Set Molecule Title< 1 %
• Load SD-Files (SDF)< 1 %
• MolSearch< 1 %
• Standardizer< 1 %
• Structure Checker< 1 %
• Fingerprint Similarity< 1 %
• Java Edit Variable< 1 %
• Java Snippet< 1 %
• Group Loop Start< 1 %
• Variable Loop End< 1 %
• Concatenate (Optional in)< 1 %
• Number To String< 1 %
• Column Aggregator< 1 %
• Missing Value Column Filter< 1 %
• Numeric Row Splitter< 1 %
• Ungroup< 1 %
• Renderer to Image< 1 %
• Rule-based Row Splitter< 1 %
• Create Temp Dir (legacy)< 1 %
• Molfile Reader< 1 %
• Smiles Directory Reader< 1 %
• MoSS< 1 %
• Column Filter (legacy)< 1 %
• Python Script (1⇒1)< 1 %
• Molecule to CDK< 1 %
• Connectivity< 1 %
• 2D Coordinates< 1 %
• Element Filter< 1 %
• RDKit Add Conformers< 1 %
• RDKit Calculate Charges< 1 %
• RDKit From IUPAC< 1 %
• RDKit Find Murcko Scaffolds< 1 %
• RDKit One Component Reaction< 1 %
• RDKit Open 3D Alignment< 1 %
• RDKit Count-Based Fingerprint< 1 %
• RDKit Structure Normalizer< 1 %
• Molecule Properties< 1 %
• Hydrogen Remover< 1 %
• R-Group Decomposer< 1 %
• MolUnique< 1 %
• Molecule Reader (to MAE)< 1 %
• Text Extractor< 1 %
• Catch Errors (Data Ports)< 1 %
• MDS (DistMatrix)< 1 %
• PCA Apply< 1 %
• String to Number< 1 %
• Double to Integer< 1 %
• Excel Reader (XLS)< 1 %
• Table Editor (JavaScript)< 1 %
• Python Edit Variable (legacy)< 1 %
• SMARTCyp 2.4.2< 1 %
• 3D D-Similarity< 1 %
• RDKit Kekulizer< 1 %
• RDKit Remove Hs< 1 %
• PaDEL-Descriptor< 1 %
• 3D Coordinates Generator< 1 %
• CSV Writer< 1 %
• Nominal Value Row Splitter< 1 %
• Row Splitter (Labs)< 1 %
• Create Temp Folder< 1 %
• Python Script (legacy)< 1 %
• CIR< 1 %
• Aromatizer< 1 %
• Random Forest Predictor (Regression)< 1 %
• Column to Grid< 1 %
• Reference Column Splitter< 1 %
• Forge Build Field QSAR< 1 %
• SDF Port To KNIME< 1 %
• MoleculeTransform< 1 %
• Variable to Table Row< 1 %
• Random Forest Predictor< 1 %
• Shuffle< 1 %
• Mol2 Reader< 1 %
• Rxn/RD Reader< 1 %
• Random Number Assigner< 1 %
• Similarity Search< 1 %
• File Download (legacy)< 1 %
• File Upload (legacy)< 1 %
• Validation and Normalisation< 1 %
• Tautomer Generator (Naomi)< 1 %
• Weight Splitter< 1 %
• MolCluster< 1 %
• Automated Matched Pairs< 1 %
• Pareto Ranking< 1 %
• Table Column to Variable< 1 %
• Math Formula (Multi Column)< 1 %
• External Tool (Labs)< 1 %
• Ligand Preparation< 1 %
• Lhasa Type Caster< 1 %
• Table Reader< 1 %
• Mol2 Writer< 1 %
• Reaction Library Synthesizer< 1 %
• Assess Affinity with Hyde in SeeSAR< 1 %
• Lookup and Add Columns< 1 %
• Fragments to MMPs< 1 %
• Plane of Best Fit Calculator< 1 %
• k-Means< 1 %
• Column Comparator< 1 %
• Table Validator (Reference)< 1 %
• Rank< 1 %
• Python Edit Variable< 1 %
• 3D D-Moments< 1 %
• RDKit RMSD Filter< 1 %
• SimilaritySearch< 1 %
• ChEBI Retriever< 1 %
• CIR< 1 %
• InChi< 1 %
• Diversity Picker< 1 %
• AutoDock Vina< 1 %
• MolIcmDock< 1 %
• Epik< 1 %
• Canvas Molecular Descriptors< 1 %
• Similarity Matrix (from Molecules)< 1 %
• Speedy SMILES De-salt< 1 %
• Fast Tanimoto2< 1 %
• Number Formatter< 1 %
• ChemSpider< 1 %
• Free-Wilson Matched Pairs< 1 %
• Column List Loop Start< 1 %
• Decision Tree Predictor< 1 %
• SMOTE< 1 %
• Cell Splitter< 1 %
• Linear Correlation< 1 %
• Color Manager< 1 %
• Numeric Distances< 1 %
• Excel Writer (XLS)< 1 %
• Date&Time to String< 1 %
• Mass Calculator< 1 %
• RDKit R-Group Decomposition (deprecated)< 1 %
• pyflare< 1 %
• Generate Smarts< 1 %
• KNIME-Maestro Connector< 1 %
• Chemical Fingerprint< 1 %
• Conformers< 1 %
• Binary Objects to Strings< 1 %
• Hierarchical Cluster Assigner< 1 %
• Cell Splitter By Position< 1 %
• Domain Calculator< 1 %
• ROC Curve (legacy)< 1 %
• Filter Duplicates< 1 %
• Pharmacophore Search< 1 %
• Forge Align< 1 %
• Library Filter< 1 %
• Chemistry External Tool< 1 %
• Speedy SMILES Heavy Atom Count (HAC)< 1 %
• PDB Saver< 1 %
• Set MolName And Comment< 1 %
• DbModelEval< 1 %
• Create Directory (legacy)< 1 %
• URL to File Path< 1 %
• List Files< 1 %
• X-Partitioner< 1 %
• Reference Column Filter< 1 %
• Normalizer< 1 %
• Unpivot< 1 %
• Rule-based Row Filter (Dictionary)< 1 %
• k-Medoids< 1 %
• Excel Reader (XLS)< 1 %
• Term to Structure< 1 %
• Row Splitter (col+)< 1 %
• Validation< 1 %
• Fingerprint Similarity< 1 %
• SMARTS Query< 1 %
• Structure Sketcher< 1 %
• RDKit Chemical Transformation< 1 %
• Tautomer Generator< 1 %
• ActMolecule from Molecule< 1 %
• Reaction Splitter< 1 %
• Table Merger< 1 %
• Duplicate Remover< 1 %
• Maestro Molecular Properties< 1 %
• Maximum Common Substructure Search< 1 %
• REOS Filter< 1 %
• Stereoizer< 1 %
• Speedy SMILES Enumerate Stereoisomers< 1 %
• Speedy SMILES Strip Stereochemistry< 1 %
• Load Local Mol Files< 1 %
• Uniquify IDs< 1 %
• PubChem Compounds< 1 %
• 3D Alignment< 1 %
• Element Selector< 1 %
• Create Collection Column< 1 %
• URL to File Path (Variable)< 1 %
• Variable to Table Column< 1 %
• Loop End (Column Append)< 1 %
• Cluster Assigner< 1 %
• Random Forest Predictor< 1 %
• Binner (Dictionary)< 1 %
• Column Renamer (Dictionary)< 1 %
• Equal Size Sampling< 1 %
• Constant Value Column Filter< 1 %
• Fingerprint Bayesian Predictor< 1 %
• PPilot Connector< 1 %
• String Input (legacy)< 1 %
• Table View (JavaScript)< 1 %
• Python Script (2⇒1)< 1 %
• XML Reader< 1 %
• WhichCyp 1.2< 1 %
• Atom Signatures< 1 %
• SDF Concatenate< 1 %
• Add Hydrogens< 1 %
• SD-to-Smiles< 1 %
• Hierarchical Clustering< 1 %
• Wait...< 1 %
• Try (Data Ports)< 1 %
• Empty Table Switch< 1 %
• String to Path< 1 %
• GET Request< 1 %
• Workflow Service Output< 1 %
• Ceres Draw< 1 %
• Compute FlexS Alignments< 1 %
• Generate 3D Coordinates< 1 %
• Similarity Calculator (FTrees)< 1 %
• Assess Affinity with Hyde in SeeSAR< 1 %
• CATS Descriptor< 1 %
• Read ASCII< 1 %
• Forge Score Field QSAR< 1 %
• Canonical SMILES< 1 %
• Component Separator< 1 %
• Fingerprint Similarity< 1 %
• Molecule Properties< 1 %
• LigPrep (deprecated)< 1 %
• Extract Properties< 1 %
• Neutralizer< 1 %
• PDB Reader< 1 %
• Property Filter (Propfilter)< 1 %
• QikProp< 1 %
• SMARTSViewer< 1 %
• PubChem BioAssays< 1 %
• logP< 1 %
• MolImporter< 1 %
• Naming< 1 %
• Sphere Exclusion< 1 %
• Molecule Properties< 1 %
• Chemical Search< 1 %
• String to Molecule< 1 %
• Try (Variable Ports)< 1 %
• Table Reader< 1 %
• Table Writer< 1 %
• Bootstrap Sampling< 1 %
• Filter Apply< 1 %
• Column Filter (PMML)< 1 %
• Normalizer (PMML)< 1 %
• Set Operator< 1 %
• End IF< 1 %
• Parallel Chunk Start< 1 %
• Distance Matrix Calculate< 1 %
• PMML Predictor< 1 %
• R to Table< 1 %
• Fingerprints< 1 %
• 3D RMSD< 1 %
• Sugar Remover< 1 %
• RDKit Molecule Fragmenter< 1 %
• RDKit Substructure Counter< 1 %
• ChEBI Searcher< 1 %
• Filter Molecules with Naomi< 1 %
• Assess Affinity with Hyde in SeeSAR< 1 %
• ActMolecule to Molecule< 1 %
• Molecule Reader< 1 %
• Combi Reaction< 1 %
• Conformations< 1 %
• Read PDB< 1 %
• Sequence Convert< 1 %
• Chemspace Expanded Search< 1 %
• Atom Replacer< 1 %
• Combinatorial Reaction Enumeration (beta)< 1 %
• Output Folder< 1 %
• Pharmacophore/Molecule Alignment< 1 %
• Active-Site Ligand Extractor< 1 %
• AutoDock 4< 1 %
• Mol Reader< 1 %
• IScreen< 1 %
• Standard Properties< 1 %
• MolAPFSuperimpose< 1 %
• MolRIDE< 1 %
• Compare Ligand Sets< 1 %
• ConfGen< 1 %
• Conformer Cluster< 1 %
• Canvas Fingerprint Generation< 1 %
• Glide Ensemble Docking< 1 %
• Glide Merge< 1 %
• Glide Grid Generation< 1 %
• Set MAE Index< 1 %
• PoseViewer-to-Complexes< 1 %
• Split by Structure< 1 %
• Generate Unique Smiles< 1 %
• Templated Conformer Generation (RDKit)< 1 %
• Align to Inertial Principal Axes< 1 %
• Speedy SMILES Explicit Chirality Filter< 1 %
• Fingerprint to String< 1 %
• Load Local Mol2 Files< 1 %
• MMP Molecule Fragment (RDKit)< 1 %
• Benchmark End< 1 %
• List To Set< 1 %
• URL Encode< 1 %
• Range Filter< 1 %
• Python Snippet< 1 %
• PubChem Substances< 1 %
• Elemental Analysis< 1 %
• Extract Atom Selection< 1 %
• Get MolName And Comment< 1 %
• H Bond Donor/Acceptor< 1 %
• Polar Surface Area< 1 %
• R-group Decomposition< 1 %
• Split Into Fragments< 1 %
• Stereoisomers< 1 %
• Topology Analysis< 1 %
• Cluster Molecules< 1 %
• Conformer Generator< 1 %
• Cyp Score< 1 %
• Pains< 1 %
• Align pharmacophores< 1 %
• Chemical File Writer< 1 %
• Chemical Reactions File Reader< 1 %
• File Meta Info (legacy)< 1 %
• Unzip Files (legacy)< 1 %
• Catch Errors (Generic Ports)< 1 %
• Inject Variables (Data)< 1 %
• Database Looping< 1 %
• Counting Loop Start< 1 %
• Recursive Loop End< 1 %
• X-Aggregator< 1 %
• Fuzzy c-Means< 1 %
• MultiLayerPerceptron Predictor< 1 %
• OPTICS Cluster Assigner< 1 %
• Regression Predictor< 1 %
• PCA< 1 %
• Add Empty Rows< 1 %
• Auto-Binner< 1 %
• Category to Number< 1 %
• String to SVG< 1 %
• Lag Column< 1 %
• Cross Joiner< 1 %
• Filter Apply Row Splitter< 1 %
• Low Variance Filter< 1 %
• Reference Column Resorter< 1 %
• Table Transposer< 1 %
• Rank Correlation< 1 %
• IF Switch< 1 %
• CASE Switch Data (Start)< 1 %
• Extract Table Dimension< 1 %
• Extract Table Spec< 1 %
• HiLite Table (legacy)< 1 %
• Fingerprint Bayesian Learner< 1 %
• Amazon S3 File Picker (legacy)< 1 %
• DB Query Reader< 1 %
• Random Label Assigner< 1 %
• JavaScript Parallel Coordinates Plot< 1 %
• Table to PDF< 1 %
• JPython Function (Legacy)< 1 %
• Read Excel Sheet Names (XLS)< 1 %
• Excel Sheet Appender (XLS)< 1 %
• Radar Plot Appender< 1 %
• Local File Browser Configuration< 1 %
• Date&Time Input (legacy)< 1 %
• File Download Widget< 1 %
• Score Erosion< 1 %
• Virtual Screening< 1 %
• Python Script (1⇒1)< 1 %
• Column Filter QuickForm (legacy)< 1 %
• String to Date&Time< 1 %
• XPath< 1 %
• Dumb Joiner< 1 %
• Depiction< 1 %
• XLogP< 1 %
• RDKit Fingerprint Reader< 1 %
• ChEMBLdb Connector< 1 %
• Docking (FlexX)< 1 %
• Sequence Properties< 1 %
• Flare Align< 1 %
• Isomer Enumerator< 1 %
• Gold Desktop Input< 1 %
• ROCS< 1 %
• Mol2 Reader< 1 %
• MMFF94 Minimizer< 1 %
• IcmScript< 1 %
• AutoQSAR Predict< 1 %
• Desalter< 1 %
• Glide Ligand Docking< 1 %
• Ligfilter< 1 %
• Extract Atom/bond Properties< 1 %
• Phase Screening< 1 %
• Structure Filter< 1 %
• Speedy SMILES Chiral Centre Count< 1 %
• Speedy SMILES Convert to Scaffold< 1 %
• Load Local CDXML Files< 1 %
• ECFP/FCFP< 1 %
• Reaction Fingerprint< 1 %
• Pharmacophore from molecule< 1 %
• Desirability Ranking< 1 %
• Binary Objects to Files< 1 %
• Port to URI< 1 %
• Extract Variables (Data)< 1 %
• Extract Context Properties< 1 %
• Table Validator< 1 %
• Table Difference Finder< 1 %
• Interactive Table (legacy)< 1 %
• Variable Expressions< 1 %
• Excel Sheet Appender (XLS)< 1 %
• Compress Files/Folder< 1 %
• List Files/Folders< 1 %
• Column Filter Configuration< 1 %
• String Configuration< 1 %
• File Chooser Widget< 1 %
• Integer Widget< 1 %
• String Widget< 1 %
• Remove Empty Rows< 1 %
• OPSIN< 1 %
• RDKit R-Group Decomposition< 1 %
• RDKit SDF Difference Checker< 1 %

Popular Successors

• Merge Variables18 %
• Variable Loop End6 %
• Loop End4 %
• Zip Files (legacy)3 %
• Java Edit Variable3 %
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