SMARTS Query

Matches a list of molecules against a list of SMARTS patterns. Molecules that match at least one SMARTS pattern are included in the first output table. Molecules that match no SMARTS pattern are directed to the second output table. Stereochemistry is supported by default. If "Match Unique" is selected, a list column with the unique count of matches is appended. The query order is preserved.

Options

Column with molecules

Select the column that contains the molecules.

Column with SMARTS

Select the column that contains the SMARTS strings (SMARTSCell type).

Count unique

Appends a list column with unique matches.

Record match positions

Appends the matched atoms and bonds. Does not differentiate between the matches.

Input Ports

Table that contains at least one column with CDK molecules.

Table that contains at least one column with SMARTS queries.

Output Ports

Table with molecules that match at least one query.

Table with molecules that do not match any of the queries.

Best Friends (Incoming)

• Molecule to CDK (12 %) 
• Molecule Type Cast (10 %) Streamable
• Table Creator (6 %) 
• SDF Reader (6 %) 
• MarvinSketch (5 %) 
• MolConverter (4 %) Streamable
• Row Filter (4 %) Streamable
• Substructure Search (4 %) 
• SMARTSViewer (2 %) Streamable
• File Reader (2 %) Streamable
• GroupBy (2 %) 
• Excel Reader (XLS) (2 %) StreamableDeprecated
• Molecular Properties (2 %) 
• SMARTS Query (2 %) 
• RDKit From Molecule (2 %) 
• Generate Smarts (1 %) 
• CSV Reader (1 %) 
• Chunk Loop Start (1 %) 
• Concatenate (1 %) Streamable
• Concatenate (Optional in) (1 %) StreamableDeprecated
• Column Combiner (1 %) Streamable
• Column Filter (1 %) Streamable
• Row Splitter (1 %) Streamable
• Reference Row Splitter (1 %) 
• Column Rename (1 %) Streamable
• RowID (1 %) Streamable
• Row Sampling (1 %) 
• Rule Engine (1 %) Streamable
• Rule-based Row Splitter (1 %) Streamable
• OpenBabel (1 %) 
• Value Selection (1 %) 
• Ceres Draw (1 %) 
• Lhasa Type Caster (1 %) 
• CDK to Molecule (1 %) 
• Connectivity (1 %) 
• Depiction (1 %) Streamable
• Lipinski's Rule-of-Five (1 %) 
• Fingerprint Similarity (1 %) 
• RDKit Canon SMILES (1 %) Streamable
• RDKit Molecule Substructure Filter (1 %) 
• ChEMBLdb Connector (1 %) 
• Show all 41 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• Constant Value Column (10 %) Streamable
• MarvinView (8 %) 
• Column Filter (8 %) Streamable
• Loop End (5 %) 
• Math Formula (5 %) Streamable
• SMARTS Query (5 %) 
• Molecule Properties (3 %) Streamable
• Substructure Matcher (3 %) 
• Split Collection Column (3 %) 
• Table Row To Variable Loop Start (3 %) 
• Java Snippet (3 %) Streamable
• Concatenate (3 %) Streamable
• Row Splitter (3 %) Streamable
• Row Filter (3 %) Streamable
• Joiner (3 %) 
• Sorter (3 %) 
• Renderer to Image (3 %) 
• Rule Engine (3 %) Streamable
• SDF Stripper (3 %) 
• SDF Writer (3 %) 
• Smarts Matcher (3 %) 
• SMARTCyp 2.4.2 (3 %) 
• CDK to Molecule (3 %) 
• Molecule to CDK (3 %) 
• Molecular Properties (3 %) 
• XLogP (3 %) 
• RDKit Canon SMILES (3 %) Streamable
• RDKit Molecule Highlighting (3 %) Streamable
• RDKit Interactive Table (3 %) 
• RDKit Substructure Counter (3 %) 
• Show all 30 recommendations

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME-CDK from the following update site:

Developers

You want to see the source code for this node? Click the following button and we’ll use our super-powers to find it for you.