SMARTS Query

KNIME CDK Integration version 1.5.700.v201711101057 by KNIME GmbH, Konstanz and EMBL-EBI, Cambridge

Matches a list of molecules against a list of SMARTS patterns. Molecules that match at least one SMARTS pattern are included in the first output table. Molecules that match no SMARTS pattern are directed to the second output table. Stereochemistry is supported by default. If "Match Unique" is selected, a list column with the unique count of matches is appended. The query order is preserved.

Options

Column with molecules

Select the column that contains the molecules.

Column with SMARTS

Select the column that contains the SMARTS strings (SMARTSCell type).

Count unique

Appends a list column with unique matches.

Record match positions

Appends the matched atoms and bonds. Does not differentiate between the matches.

Input Ports

Table that contains at least one column with CDK molecules.

Table that contains at least one column with SMARTS queries.

Output Ports

Table with molecules that match at least one query.

Table with molecules that do not match any of the queries.

Best Friends (Incoming)

• Molecule to CDK (19 %) Manipulator
• Molecule Type Cast (10 %) ManipulatorStreamable
• MarvinSketch (7 %) Source
• SDF Reader (7 %) Source
• Table Creator (5 %) Source
• MolConverter (3 %) ManipulatorStreamable
• Row Filter (3 %) ManipulatorStreamable
• Connectivity (3 %) Other
• Substructure Search (3 %) Manipulator
• RDKit From Molecule (3 %) Manipulator
• Generate Smarts (2 %) Source
• SMARTSViewer (2 %) ManipulatorStreamable
• CSV Reader (2 %) Source
• File Reader (2 %) SourceStreamable
• Concatenate (2 %) ManipulatorStreamable
• Concatenate (Optional in) (2 %) ManipulatorStreamable
• Column Filter (2 %) ManipulatorStreamable
• Row Splitter (2 %) ManipulatorStreamable
• GroupBy (2 %) Manipulator
• Column Rename (2 %) ManipulatorStreamable
• RowID (2 %) ManipulatorStreamable
• Rule Engine (2 %) PredictorStreamable
• OpenBabel (2 %) Manipulator
• Ceres Draw (2 %) 
• Lhasa Type Caster (2 %) 
• Molecular Properties (2 %) Other
• Fingerprint Similarity (2 %) Other
• SMARTS Query (2 %) Manipulator
• RDKit Canon SMILES (2 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Molecule Substructure Filter (2 %) Manipulator
• Chunk Loop Start (< 1 %) LoopStart
• Column Combiner (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Reference Row Splitter (< 1 %) Manipulator
• Rule-based Row Splitter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Value Selection (< 1 %) QuickForm
• CDK to Molecule (< 1 %) Manipulator
• Lipinski's Rule-of-Five (< 1 %) Other
• Show all 37 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• Constant Value Column (21 %) ManipulatorStreamable
• MarvinView (13 %) Visualizer
• Column Filter (13 %) ManipulatorStreamable
• Loop End (8 %) LoopEnd
• Split Collection Column (4 %) Manipulator
• Concatenate (4 %) ManipulatorStreamable
• Row Splitter (4 %) ManipulatorStreamable
• Joiner (4 %) Manipulator
• SDF Writer (4 %) Sink
• Smarts Matcher (4 %) 
• SMARTCyp 2.4.2 (4 %) Predictor
• CDK to Molecule (4 %) Manipulator
• SMARTS Query (4 %) Manipulator
• RDKit Interactive Table (4 %) Visualizer
• RDKit Substructure Counter (4 %) Manipulator
• Molecule Properties (< 1 %) 
• Substructure Matcher (< 1 %) Other
• Java Snippet (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Row Filter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Sorter (< 1 %) Manipulator
• Renderer to Image (< 1 %) Other
• Rule Engine (< 1 %) PredictorStreamable
• Molecule to CDK (< 1 %) Manipulator
• Molecular Properties (< 1 %) Other
• XLogP (< 1 %) Other
• RDKit Canon SMILES (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Show all 26 recommendations

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME CDK Integration from the following update site: