CDK to Molecule

KNIME CDK Integration version 1.5.700.v201711101057 by KNIME GmbH, Konstanz and EMBL-EBI, Cambridge

Options

CDK Column

The column that contains the CDK molecules.

Replace Column

Select this to replace the CDK column with the column containing the converted string representations. Otherwise a new column will be appended.

New column name

Enter the name of the new column here if the original column is not replaced (see option above).

Destination format

Select the destination format here.

Input Ports

Table containing CDK molecules

Output Ports

Table with the molecules' converted string representations

Best Friends (Incoming)

• Molecule to CDK (33 %) Manipulator
• Row Splitter (8 %) ManipulatorStreamable
• Molecular Properties (6 %) Other
• Column Filter (5 %) ManipulatorStreamable
• SDF Reader (5 %) Source
• Concatenate (3 %) ManipulatorStreamable
• Row Filter (3 %) ManipulatorStreamable
• GroupBy (3 %) Manipulator
• CDK to Molecule (3 %) Manipulator
• Substructure Search (3 %) Manipulator
• Compounds Reader (3 %) 
• Tautomer Generator (2 %) Manipulator
• Isomers Enumerator (2 %) 
• MarvinSketch (2 %) Source
• Joiner (2 %) Manipulator
• Column Rename (2 %) ManipulatorStreamable
• Numeric Row Splitter (2 %) Manipulator
• Molecule Type Cast (2 %) ManipulatorStreamable
• JSON to Table (2 %) Manipulator
• 2D Coordinates (2 %) Other
• 3D Coordinates (2 %) Other
• Fingerprints (2 %) Other
• Fingerprint Similarity (2 %) Other
• Hydrogen Manipulator (2 %) Other
• SMARTS Query (2 %) Manipulator
• Structure Sketcher (2 %) Source
• RDKit Calculate Charges (2 %) ManipulatorStreamable
• String to Molecule (< 1 %) Manipulator
• File Reader (< 1 %) SourceStreamable
• Table Reader (< 1 %) SourceStreamable
• Expand Bit Vector (< 1 %) Manipulator
• Column Resorter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Sorter (< 1 %) Manipulator
• XLogP (< 1 %) Other
• RDKit Molecule Highlighting (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Show all 35 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• SDF Writer (18 %) Sink
• RDKit From Molecule (9 %) Manipulator
• CSV Writer (6 %) SinkStreamable
• OpenBabel (6 %) Manipulator
• Column Filter (4 %) ManipulatorStreamable
• Mol2 Writer (4 %) Sink
• Smiles Directory Writer (4 %) Sink
• Molecule to CDK (4 %) Manipulator
• Molecule to Indigo (3 %) 
• Create Bit Vector (3 %) Manipulator
• CDK to Molecule (3 %) Manipulator
• RDKit Structure Normalizer (3 %) Manipulator
• Hydrogen Remover (1 %) Manipulator
• R-Group Decomposer (1 %) Other
• Data to Report (1 %) Other
• Speedy SMILES Enumerate Stereoisomers (1 %) ManipulatorStreamable
• MarvinView (1 %) Visualizer
• Loop End (1 %) LoopEnd
• Recursive Loop Start (2 ports) (1 %) LoopStart
• Random Forest Predictor (1 %) PredictorStreamableDeprecated
• Concatenate (1 %) ManipulatorStreamable
• Column Appender (1 %) ManipulatorStreamable
• Column Resorter (1 %) ManipulatorStreamable
• Reference Row Filter (1 %) Manipulator
• Joiner (1 %) Manipulator
• Partitioning (1 %) Manipulator
• Column Rename (1 %) ManipulatorStreamable
• Molecule Type Cast (1 %) ManipulatorStreamable
• Bag of Words Creator (1 %) ManipulatorDeprecated
• Python Script (1⇒1) (1 %) ManipulatorDeprecated
• Molecular Properties (1 %) Other
• Fingerprints (1 %) Other
• Hydrogen Manipulator (1 %) Other
• Mass Calculator (1 %) Other
• Search FTrees Fragment Space (< 1 %) 
• Fingerprint (< 1 %) 
• PMI Calculation (< 1 %) Manipulator
• CheS-Mapper (< 1 %) Source
• Counting Loop Start (< 1 %) LoopStart
• Row Splitter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Missing Value (< 1 %) Manipulator
• RowID (< 1 %) ManipulatorStreamable
• String Replacer (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Interactive Table (< 1 %) Visualizer
• Parallel Chunk Start (< 1 %) LoopStart
• Bar Chart (JFreeChart) (< 1 %) Visualizer
• XLS Writer (< 1 %) SinkDeprecated
• Excel Sheet Appender (XLS) (< 1 %) Sink
• ClassificationViaRegression (3.7) (< 1 %) 
• Connectivity (< 1 %) Other
• 3D Coordinates (< 1 %) Other
• Lipinski's Rule-of-Five (< 1 %) Other
• SMARTS Query (< 1 %) Manipulator
• Sugar Remover (< 1 %) Other
• RDKit Canon SMILES (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Interactive Table (< 1 %) Visualizer
• RDKit Molecule Fragmenter (< 1 %) Manipulator
• RDKit To Molecule (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RDKit R Group Decomposition (< 1 %) Manipulator
• Show all 60 recommendations

Workflows

• _01_ChemicalLibraryEnumeration
• WhichCyp

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME CDK Integration from the following update site: