CDK to Molecule

Options

CDK Column

The column that contains the CDK molecules.

Replace Column

Select this to replace the CDK column with the column containing the converted string representations. Otherwise a new column will be appended.

New column name

Enter the name of the new column here if the original column is not replaced (see option above).

Destination format

Select the destination format here.

Input Ports

Table containing CDK molecules

Output Ports

Table with the molecules' converted string representations

Best Friends (Incoming)

• Molecule to CDK (25 %) 
• Column Filter (5 %) Streamable
• Molecular Properties (5 %) 
• MarvinSketch (4 %) 
• Row Splitter (4 %) Streamable
• GroupBy (4 %) 
• Concatenate (2 %) Streamable
• Row Filter (2 %) Streamable
• Joiner (2 %) 
• SDF Reader (2 %) 
• Excel Reader (XLS) (2 %) StreamableDeprecated
• CDK to Molecule (2 %) 
• Lipinski's Rule-of-Five (2 %) 
• Fingerprints (2 %) 
• Substructure Search (2 %) 
• Tautomer Generator (1 %) 
• Isomers Enumerator (1 %) 
• String to Molecule (1 %) 
• File Reader (1 %) Streamable
• Table Reader (1 %) Streamable
• Expand Bit Vector (1 %) 
• Column Resorter (1 %) Streamable
• Column Rename (1 %) Streamable
• Numeric Row Splitter (1 %) 
• Sorter (1 %) 
• Molecule Type Cast (1 %) Streamable
• Mol2 Reader (1 %) 
• OpenBabel (1 %) 
• Column Filter (1 %) 
• JSON to Table (1 %) 
• Connectivity (1 %) 
• 2D Coordinates (1 %) 
• 3D Coordinates (1 %) 
• XLogP (1 %) 
• Fingerprint Similarity (1 %) 
• Hydrogen Manipulator (1 %) 
• 3D RMSD (1 %) 
• SMARTS Query (1 %) 
• Structure Sketcher (1 %) 
• RDKit Calculate Charges (1 %) Streamable
• RDKit Molecule Highlighting (1 %) Streamable
• Compounds Reader (1 %) 
• Show all 42 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• SDF Writer (14 %) 
• RDKit From Molecule (6 %) 
• CSV Writer (4 %) Streamable
• Column Filter (4 %) Streamable
• OpenBabel (4 %) 
• Molecule to CDK (4 %) 
• Mol2 Writer (3 %) 
• Smiles Directory Writer (3 %) 
• Molecule to Indigo (2 %) 
• Concatenate (2 %) Streamable
• Create Bit Vector (2 %) 
• Reference Row Filter (2 %) 
• Partitioning (2 %) 
• CDK to Molecule (2 %) 
• Molecular Properties (2 %) 
• Fingerprints (2 %) 
• Search FTrees Fragment Space (< 1 %) 
• Dearomatizer (< 1 %) 
• Hydrogen Remover (< 1 %) 
• R-Group Decomposer (< 1 %) 
• MCS Scaffold Finder (< 1 %) 
• Standardizer (< 1 %) 
• Data to Report (< 1 %) 
• Fingerprint (< 1 %) 
• PMI Calculation (< 1 %) Deprecated
• Speedy SMILES De-salt (< 1 %) Streamable
• Speedy SMILES Enumerate Stereoisomers (< 1 %) Streamable
• MarvinView (< 1 %) 
• MolConverter (< 1 %) Streamable
• CheS-Mapper (< 1 %) 
• Loop End (< 1 %) 
• Counting Loop Start (< 1 %) 
• Recursive Loop Start (2 ports) (< 1 %) 
• Random Forest Predictor (< 1 %) StreamableDeprecated
• Column Appender (< 1 %) Streamable
• Column Resorter (< 1 %) Streamable
• Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Joiner (< 1 %) 
• Missing Value (< 1 %) 
• Column Rename (< 1 %) Streamable
• RowID (< 1 %) Streamable
• String Replacer (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Filter (< 1 %) Streamable
• Interactive Table (local) (< 1 %) 
• Molecule Type Cast (< 1 %) Streamable
• Molfile Writer (< 1 %) 
• Parallel Chunk Start (< 1 %) 
• Bar Chart (JFreeChart) (< 1 %) 
• XLS Writer (< 1 %) Deprecated
• Excel Sheet Appender (XLS) (< 1 %) Deprecated
• Bag of Words Creator (< 1 %) Deprecated
• ClassificationViaRegression (3.7) (< 1 %) 
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) Deprecated
• 3D Coordinates (< 1 %) 
• Fingerprint Similarity (< 1 %) 
• Hydrogen Manipulator (< 1 %) 
• Mass Calculator (< 1 %) 
• SMARTS Query (< 1 %) 
• Sugar Remover (< 1 %) 
• RDKit Canon SMILES (< 1 %) Streamable
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) Streamable
• RDKit Interactive Table (< 1 %) 
• RDKit Molecule Substructure Filter (< 1 %) 
• RDKit Molecule Fragmenter (< 1 %) 
• RDKit To Molecule (< 1 %) Streamable
• RDKit R-Group Decomposition (deprecated) (< 1 %) 
• RDKit Structure Normalizer (< 1 %) 
• Show all 67 recommendations

Workflows

• _​01_​ChemicalLibraryEnumeration 

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME-CDK from the following update site:

Developers

You want to see the source code for this node? Click the following button and we’ll use our super-powers to find it for you.