3D Viewer

Input Ports

Table to display

Views

3D View

Select any structure in the table view at the top and see the 3D representation at the bottom. The bottom view may be empty if the structure being selected does not carry 3D coordinate information.

Best Friends (Incoming)

• 3D Coordinates (8 %) 
• Molecule to CDK (7 %) 
• RDKit Optimize Geometry (7 %) Streamable
• Scorer (5 %) 
• Loop End (3 %) 
• 3D RMSD (3 %) 
• Tautomer Generator (2 %) 
• Generate 3D Coordinates (2 %) 
• PDB Reader (2 %) 
• MarvinSketch (2 %) 
• MolConverter (2 %) Streamable
• CSV Reader (2 %) 
• k-Means (2 %) 
• K Nearest Neighbor (2 %) StreamableDeprecated
• Concatenate (2 %) Streamable
• Column Appender (2 %) Streamable
• Column Resorter (2 %) Streamable
• Column Filter (2 %) Streamable
• Row Filter (2 %) Streamable
• GroupBy (2 %) 
• Joiner (2 %) 
• Denormalizer (2 %) Streamable
• Partitioning (2 %) 
• Sorter (2 %) 
• Molecule Type Cast (2 %) Streamable
• SDF Extractor (2 %) 
• Molfile Reader (2 %) 
• SDF Reader (2 %) 
• Smiles Directory Reader (2 %) 
• OpenBabel (2 %) 
• Excel Reader (XLS) (2 %) StreamableDeprecated
• Excel Reader (XLS) (2 %) Streamable
• Table View (JavaScript) (2 %) 
• Image Cropper (2 %) 
• Python Script (1⇒2) (2 %) 
• 3D D-Similarity (2 %) 
• Molecular Properties (2 %) 
• Fingerprints (2 %) 
• Structure Sketcher (2 %) 
• RDKit Add Conformers (2 %) 
• RDKit Add Hs (2 %) Streamable
• RDKit Canon SMILES (2 %) Streamable
• RDKit Interactive Table (2 %) 
• RDKit From Molecule (2 %) 
• RDKit Open 3D Alignment (2 %) 
• RDKit RMSD Filter (2 %) 
• Show all 46 recommendations

Workflows

• R Integration

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME CDK Integration from the following update site: