3D Viewer

KNIME CDK Integration version 1.5.700.v201711101057 by KNIME GmbH, Konstanz and EMBL-EBI, Cambridge

Input Ports

Table to display

Views

3D View

Select any structure in the table view at the top and see the 3D representation at the bottom. The bottom view may be empty if the structure being selected does not carry 3D coordinate information.

Best Friends (Incoming)

• Scorer (13 %) Other
• Molecule to CDK (8 %) Manipulator
• 3D Coordinates (8 %) Other
• MolConverter (5 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Open 3D Alignment (5 %) Manipulator
• RDKit Optimize Geometry (5 %) ManipulatorStreamable
• Generate 3D Coordinates (3 %) Manipulator
• Loop End (3 %) LoopEnd
• k-Means (3 %) Learner
• Column Appender (3 %) ManipulatorStreamable
• Column Filter (3 %) ManipulatorStreamable
• Row Filter (3 %) ManipulatorStreamable
• Joiner (3 %) Manipulator
• Partitioning (3 %) Manipulator
• Sorter (3 %) Manipulator
• SDF Reader (3 %) Source
• Smiles Directory Reader (3 %) Source
• OpenBabel (3 %) Manipulator
• Excel Reader (XLS) (3 %) SourceStreamable
• Table View (JavaScript) (3 %) Visualizer
• 3D D-Similarity (3 %) Other
• Molecular Properties (3 %) Other
• Structure Sketcher (3 %) Source
• RDKit Add Conformers (3 %) Manipulator
• RDKit Add Hs (3 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Canon SMILES (3 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Interactive Table (3 %) Visualizer
• Tautomer Generator (< 1 %) Manipulator
• PDB Reader (< 1 %) Source
• MarvinSketch (< 1 %) Source
• CSV Reader (< 1 %) Source
• K Nearest Neighbor (< 1 %) LearnerStreamableDeprecated
• Denormalizer (< 1 %) ManipulatorStreamable
• SDF Extractor (< 1 %) Manipulator
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) SourceStreamableDeprecated
• Image Cropper (< 1 %) 
• RDKit RMSD Filter (< 1 %) Manipulator
• Show all 37 recommendations

Workflows

• R Integration

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME CDK Integration from the following update site: