MarvinView

Options

Structure column

The column in the input data table containing structure in Structure(Mrv, Sdf, Smiles, etc.) format.

Input Ports

Input table that contains structure in Structure(Mrv, Sdf, Smiles, etc.) format.

Views

MarvinView

Display MarvinView.

Best Friends (Incoming)

• MolConverter (6 %) Streamable
• Row Filter (5 %) Streamable
• Column Filter (5 %) Streamable
• Molecule Type Cast (5 %) Streamable
• SDF Reader (5 %) 
• MarvinSketch (4 %) 
• OpenBabel (4 %) 
• GroupBy (3 %) 
• Joiner (3 %) 
• Sorter (3 %) 
• RDKit To Molecule (3 %) Streamable
• RDKit Molecule Substructure Filter (2 %) 
• Column Rename (1 %) Streamable
• RDKit From Molecule (1 %) 
• Substructure Matcher (1 %) 
• MolImporter (1 %) Streamable
• Standardizer (1 %) Streamable
• CSV Reader (1 %) 
• Column Resorter (1 %) Streamable
• Reference Row Filter (1 %) 
• SMARTS Query (1 %) 
• RDKit Interactive Table (1 %) 
• RDKit MCS (1 %) 
• RDKit Substructure Filter (1 %) 
• Advanced MolConverter (< 1 %) Streamable
• Major Microspecies (< 1 %) Streamable
• Reactor (< 1 %) Streamable
• File Reader (< 1 %) Streamable
• Table Creator (< 1 %) 
• Concatenate (< 1 %) Streamable
• Reference Row Splitter (< 1 %) 
• RowID (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Statistics (< 1 %) 
• SDF Extractor (< 1 %) 
• Molecule to CDK (< 1 %) 
• Fingerprints (< 1 %) 
• Fingerprint Similarity (< 1 %) 
• RDKit Functional Group Filter (< 1 %) 
• RDKit Find Murcko Scaffolds (< 1 %) Streamable
• RDKit To InChI (< 1 %) Streamable
• Tautomer Generator (< 1 %) 
• Chemical Space Enumerator (< 1 %) 
• Chemspace Search (< 1 %) 
• Canonical SMILES (< 1 %) 
• Combinatorial Reaction Enumeration (beta) (< 1 %) 
• Generate 2D Coordinates (< 1 %) 
• MCS Scaffold Finder (< 1 %) 
• Pharmacophore/Molecule Clustering (< 1 %) 
• RapidMiner (< 1 %) 
• MAE-to-Smiles (< 1 %) 
• Smiles Reader (< 1 %) 
• PubChem Compounds (< 1 %) 
• Bi Reactor (< 1 %) Streamable
• Bi Reactor (By Input) (< 1 %) 
• JChem Search (< 1 %) 
• Markush Enumeration (< 1 %) Streamable
• Metabolizer (< 1 %) Streamable
• MolSearch (< 1 %) Streamable
• pKa (< 1 %) Streamable
• Polar Surface Area (< 1 %) Streamable
• Sphere Exclusion (< 1 %) 
• Uni Reactor (By Input) (< 1 %) 
• Fingerprint Similarity (< 1 %) 
• String to Molecule (< 1 %) 
• Split Collection Column (< 1 %) 
• Database Connection Table Reader (legacy) (< 1 %) 
• Database Reader (legacy) (< 1 %) 
• Java Snippet (< 1 %) Streamable
• Loop End (< 1 %) 
• Variable Condition Loop End (< 1 %) 
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) StreamableDeprecated
• Constant Value Column (< 1 %) Streamable
• Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Missing Value (< 1 %) 
• Round Double (< 1 %) Streamable
• Ungroup (< 1 %) Streamable
• Value Counter (< 1 %) 
• Rule-based Row Filter (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Filter (Dictionary) (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Splitter (Dictionary) (< 1 %) Streamable
• SDF Stripper (< 1 %) 
• Molfile Reader (< 1 %) 
• Mol2 Reader (< 1 %) 
• Rxn/RD Reader (< 1 %) 
• Smiles Directory Reader (< 1 %) 
• k-Medoids (< 1 %) 
• MoSS MCSS Molecule Similarity (< 1 %) 
• Math Formula (< 1 %) Streamable
• XLS Reader (< 1 %) Deprecated
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) StreamableDeprecated
• Java Snippet (simple) (< 1 %) 
• Java Snippet Row Splitter (< 1 %) Streamable
• PDF Parser (< 1 %) 
• Term To String (< 1 %) 
• GET Request (< 1 %) Streamable
• CDK to Molecule (< 1 %) 
• 2D Coordinates (< 1 %) 
• 3D Coordinates (< 1 %) 
• Lipinski's Rule-of-Five (< 1 %) 
• Molecular Properties (< 1 %) 
• Hydrogen Manipulator (< 1 %) 
• Substructure Search (< 1 %) 
• RDKit Generate Coords (< 1 %) Streamable
• RDKit Add Hs (< 1 %) Streamable
• RDKit Calculate Charges (< 1 %) Streamable
• RDKit Canon SMILES (< 1 %) Streamable
• RDKit Diversity Picker (< 1 %) 
• RDKit Molecule Catalog Filter (< 1 %) 
• RDKit Open 3D Alignment (< 1 %) 
• RDKit Optimize Geometry (< 1 %) Streamable
• RDKit Salt Stripper (< 1 %) 
• RDKit Structure Normalizer (< 1 %) 
• RDKit Substructure Counter (< 1 %) 
• RDKit Two Component Reaction (< 1 %) 
• ChEBI Retriever (< 1 %) 
• Show all 116 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• Table Row to Variable (61 %) Deprecated
• Substructure Search (17 %) 
• MolConverter (11 %) Streamable
• Excel Writer (XLS) (6 %) Deprecated
• CIR (6 %) 

Workflows

• Peptide structure to sequence demo - with Marvin nodes 
• BindingDB_​FMCT-5-Averaged 
• BindingDB_​FMCT-Fingerprint 
• BindingDB_​FMCT-Fingerprint+MCS 
• BindingDB_​FMCT-MCS 
• BindingDB_​Target2Compounds 
• Show all 6 workflows

Installation

To use this node in KNIME, install ChemAxon/Infocom Marvin Extensions Feature from the following update site:

A zipped version of the software site can be downloaded here. Read our FAQs to get instructions about how to install nodes from a zipped update site.

Developers

You want to see the source code for this node? Click the following button and we’ll use our super-powers to find it for you.