MolConverter

Options

Structure column

The column in the input data table containing structure in Structure(Mrv, Sdf, Smiles, etc.) format.

Input Ports

Input table that contains structure in Structure(Mrv, Sdf, Smiles, etc.) format.

Output Ports

Output table that contains converted structure in Structure(Mrv, Sdf, Smiles, etc.) format.

Best Friends (Incoming)

• Molecule Type Cast (15 %) Streamable
• MarvinSketch (9 %) 
• SDF Reader (9 %) 
• Row Filter (3 %) Streamable
• Column Filter (3 %) Streamable
• File Reader (3 %) Streamable
• Value Counter (3 %) 
• GroupBy (2 %) 
• MolConverter (2 %) Streamable
• String to Molecule (2 %) 
• Column Rename (2 %) Streamable
• Joiner (2 %) 
• RDKit From Molecule (2 %) 
• Row Splitter (1 %) Streamable
• Reference Row Filter (1 %) 
• OpenBabel (1 %) 
• RDKit Canon SMILES (1 %) Streamable
• Column Resorter (1 %) Streamable
• RDKit To Molecule (1 %) Streamable
• Load Local PDB Files (< 1 %) Streamable
• Sorter (< 1 %) 
• CSV Reader (< 1 %) 
• Table Creator (< 1 %) 
• Chunk Loop Start (< 1 %) 
• Concatenate (< 1 %) Streamable
• Molecule to CDK (< 1 %) 
• Chemical Sketcher (< 1 %) 
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) StreamableDeprecated
• String Manipulation (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Filter (< 1 %) Streamable
• Mol2 Reader (< 1 %) 
• MoSS (< 1 %) 
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) StreamableDeprecated
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) Streamable
• Standardizer (< 1 %) 
• Table Reader (< 1 %) Streamable
• Java Snippet (< 1 %) Streamable
• Nominal Value Row Splitter (< 1 %) Streamable
• SDF Extractor (< 1 %) 
• SDF Stripper (< 1 %) 
• Molfile Reader (< 1 %) 
• Rxn/RD Reader (< 1 %) 
• Smiles Directory Reader (< 1 %) 
• Structure Converter (< 1 %) 
• RDKit To InChI (< 1 %) Streamable
• RDKit Salt Stripper (< 1 %) 
• Aromatizer (< 1 %) 
• Hydrogen Adder (< 1 %) 
• Generate 2D Coordinates (< 1 %) 
• MolImporter (< 1 %) Streamable
• Multiple MolImporter (< 1 %) Streamable
• MarvinView (< 1 %) 
• Variable to Table Row (< 1 %) Deprecated
• List Files (< 1 %) 
• Cell Replacer (< 1 %) Streamable
• Column Appender (< 1 %) Streamable
• Partitioning (< 1 %) 
• RowID (< 1 %) Streamable
• Renderer to Image (< 1 %) 
• Rule Engine (< 1 %) Streamable
• Math Formula (< 1 %) Streamable
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) StreamableDeprecated
• Standardize (< 1 %) 
• Molecular Properties (< 1 %) 
• Hydrogen Manipulator (< 1 %) 
• Substructure Search (< 1 %) 
• Structure Sketcher (< 1 %) 
• RDKit From IUPAC (< 1 %) 
• RDKit Kekulizer (< 1 %) Streamable
• RDKit MCS (< 1 %) 
• RDKit Find Murcko Scaffolds (< 1 %) Streamable
• RDKit Optimize Geometry (< 1 %) Streamable
• RDKit Remove Hs (< 1 %) Streamable
• RDKit Structure Normalizer (< 1 %) 
• RDKit Substructure Counter (< 1 %) 
• Compute FlexS Alignments (< 1 %) 
• Generate 3D Coordinates (< 1 %) 
• Molecule to SMILES (< 1 %) 
• Remove Duplicate Molecules (< 1 %) 
• SMILES Input (< 1 %) 
• Molecule to SMILES (< 1 %) 
• Wash (< 1 %) 
• Forge Align (< 1 %) 
• Canonical SMILES (< 1 %) 
• Hydrogen Remover (< 1 %) 
• Isomer Enumerator (< 1 %) 
• R-Group Decomposer (< 1 %) 
• Reaction Splitter (< 1 %) 
• MCS Scaffold Finder (< 1 %) 
• ICon (< 1 %) 
• ChEMBL-DB Extractor (< 1 %) 
• Mol Reader (< 1 %) 
• Evolutionary Library Generator (< 1 %) 
• Newlead (< 1 %) 
• Fragmenter (< 1 %) 
• Speedy SMILES Enumerate Stereoisomers (< 1 %) Streamable
• Speedy SMILES Strip Stereochemistry (< 1 %) Streamable
• PDB Loader (< 1 %) Streamable
• Advanced MolConverter (< 1 %) Streamable
• Document Extractor (< 1 %) Streamable
• Standardizer (< 1 %) Streamable
• Text Extractor (< 1 %) Streamable
• Conformer Generator (< 1 %) 
• Molecule Properties (< 1 %) 
• Simple Search (< 1 %) 
• Structures Retriever (< 1 %) 
• CIR (< 1 %) 
• ChemSpider (< 1 %) 
• De Novo Structure Generator with Scheme Awareness (< 1 %) 
• Starting Material Generator (< 1 %) 
• Chemical Structures File Reader (< 1 %) 
• Chemical File Writer (< 1 %) 
• Binary Objects to Strings (< 1 %) 
• Database Connection Table Reader (legacy) (< 1 %) 
• Java Edit Variable (< 1 %) 
• Loop End (< 1 %) 
• Group Loop Start (< 1 %) 
• Recursive Loop End (< 1 %) 
• Scorer (< 1 %) 
• Column Aggregator (< 1 %) Streamable
• Column Merger (< 1 %) Streamable
• Constant Value Column (< 1 %) Streamable
• Reference Row Splitter (< 1 %) 
• Missing Value (< 1 %) 
• Row Sampling (< 1 %) 
• Column Splitter (< 1 %) Streamable
• String Replacer (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Empty Table Switch (< 1 %) 
• Save Workflow (< 1 %) 
• Parallel Chunk Start (< 1 %) 
• Math Formula (Multi Column) (< 1 %) Streamable
• XLS Reader (< 1 %) Deprecated
• Java Snippet (simple) (< 1 %) 
• Case Converter (< 1 %) Streamable
• List Box Input (< 1 %) 
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) 
• XPath (< 1 %) Streamable
• Converter (< 1 %) 
• Lhasa Type Caster (< 1 %) 
• Validation and Normalisation (< 1 %) 
• CDK to Molecule (< 1 %) 
• 3D Coordinates (< 1 %) 
• XLogP (< 1 %) 
• Fingerprints (< 1 %) 
• Fingerprint Similarity (< 1 %) 
• RDKit Generate Coords (< 1 %) Streamable
• RDKit Chemical Transformation (< 1 %) 
• RDKit Diversity Picker (< 1 %) 
• RDKit Functional Group Filter (< 1 %) 
• RDKit Interactive Table (< 1 %) 
• RDKit Molecule Substructure Filter (< 1 %) 
• RDKit Molecule Extractor (< 1 %) 
• RDKit One Component Reaction (< 1 %) 
• RDKit Fingerprint (< 1 %) Streamable
• RDKit Substructure Filter (< 1 %) 
• CIR (< 1 %) 
• ChEMBLdb Connector (< 1 %) 
• ChEMBLdb Connector Input (< 1 %) 
• Show all 159 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• SDF Writer (10 %) 
• RDKit From Molecule (4 %) 
• CSV Writer (4 %) Streamable
• Joiner (4 %) 
• Column Filter (3 %) Streamable
• GroupBy (3 %) 
• Column Rename (2 %) Streamable
• MarvinView (2 %) 
• Reference Row Filter (2 %) 
• RDKit Canon SMILES (2 %) Streamable
• MolConverter (1 %) Streamable
• Molfile Writer (1 %) 
• Mol2 Writer (1 %) 
• OpenBabel (1 %) 
• String Manipulation (1 %) Streamable
• Excel Writer (XLS) (1 %) Deprecated
• Validation and Normalisation (1 %) 
• MarvinSpace (1 %) 
• Row Filter (1 %) Streamable
• Substructure Matcher (< 1 %) 
• RowID (< 1 %) Streamable
• Structure Converter (< 1 %) 
• RDKit Fingerprint (< 1 %) Streamable
• ChEMBLdb Connector Input (< 1 %) 
• Loop End (< 1 %) 
• Concatenate (< 1 %) Streamable
• Renderer to Image (< 1 %) 
• Interactive Table (local) (< 1 %) 
• Molecule Type Cast (< 1 %) Streamable
• Fingerprints (< 1 %) 
• RDKit Chemical Transformation (< 1 %) 
• RDKit Molecule Substructure Filter (< 1 %) 
• Sorter (< 1 %) 
• Molecule to CDK (< 1 %) 
• RDKit Two Component Reaction (< 1 %) 
• Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Reference Row Splitter (< 1 %) 
• XLS Writer (< 1 %) Deprecated
• Molecular Properties (< 1 %) 
• CIR (< 1 %) 
• R-Group Decomposer (< 1 %) 
• Standardizer (< 1 %) 
• SDF Stripper (< 1 %) 
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) Streamable
• RDKit One Component Reaction (< 1 %) 
• RDKit To InChI (< 1 %) Streamable
• Atom Replacer (< 1 %) 
• Canonical SMILES (< 1 %) 
• Dearomatizer (< 1 %) 
• InChi (< 1 %) 
• Substructure Match Counter (< 1 %) 
• Table Row to Variable (< 1 %) Deprecated
• Table Row To Variable Loop Start (< 1 %) 
• Table Writer (< 1 %) 
• Java Snippet (< 1 %) Streamable
• Chunk Loop Start (< 1 %) 
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) StreamableDeprecated
• Column Resorter (< 1 %) Streamable
• Column Splitter (< 1 %) Streamable
• SDF Extractor (< 1 %) 
• Math Formula (< 1 %) Streamable
• External Tool (Labs) (< 1 %) 
• R Source (Workspace) (< 1 %) 
• SMARTS Query (< 1 %) 
• RDKit Generate Coords (< 1 %) Streamable
• RDKit From InChI (< 1 %) Streamable
• RDKit Salt Stripper (< 1 %) 
• RDKit Structure Normalizer (< 1 %) 
• RDKit Substructure Filter (< 1 %) 
• Generate 3D Coordinates (< 1 %) 
• Chemical Space Synthesizer (< 1 %) 
• Filter Duplicates (< 1 %) 
• MOE Descriptors (< 1 %) 
• Retrosynthetic Synthesizability (< 1 %) 
• Wash (< 1 %) 
• Molecule Properties (< 1 %) 
• Knime To SDF Port (< 1 %) 
• Data to Report (< 1 %) 
• Molecule-to-MAE (< 1 %) 
• PMI Calculation (< 1 %) Deprecated
• Speedy SMILES Charge Count (< 1 %) Streamable
• Speedy SMILES Remove Multicomponent molecules Splitter (< 1 %) Streamable
• Advanced MolConverter (< 1 %) Streamable
• MolExporter (< 1 %) Streamable
• MoleculeTransform (< 1 %) 
• Chemical File Writer (< 1 %) 
• Cell Splitter (< 1 %) Deprecated
• Column Auto Type Cast (< 1 %) 
• Column Appender (< 1 %) Streamable
• Constant Value Column (< 1 %) Streamable
• Partitioning (< 1 %) 
• String Replacer (< 1 %) Streamable
• Value Counter (< 1 %) 
• Rule Engine (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Splitter (< 1 %) Streamable
• SDF Inserter (< 1 %) 
• Smiles Directory Writer (< 1 %) 
• Parallel Chunk Start (< 1 %) 
• MoSS (< 1 %) 
• Rule Viewer (local) (< 1 %) 
• Java Snippet (simple) (< 1 %) 
• Standardizer (< 1 %) 
• CIR (< 1 %) 
• Standardize (< 1 %) 
• Lipinski's Rule-of-Five (< 1 %) 
• Substructure Search (< 1 %) 
• RDKit Kekulizer (< 1 %) Streamable
• RDKit Molecule Extractor (< 1 %) 
• RDKit Find Murcko Scaffolds (< 1 %) Streamable
• RDKit To Molecule (< 1 %) Streamable
• RDKit Remove Hs (< 1 %) Streamable
• Tautomer Generator (< 1 %) 
• Compute LeadIT Docking (< 1 %) 
• Chemical Space Enumerator (< 1 %) 
• Assess Affinity with Hyde in SeeSAR (< 1 %) 
• Write SDF (< 1 %) 
• Atomic Fractions (< 1 %) 
• Conformations (< 1 %) 
• Energy Minimizer (< 1 %) 
• SVL Snippet (< 1 %) 
• Substructure Search (< 1 %) 
• Wash (< 1 %) 
• DOMPE Fingerprint Calculator (< 1 %) 
• MOE Fingerprints (< 1 %) 
• InChI (< 1 %) Deprecated
• Pharmacophore Search (< 1 %) 
• Scaffold Classification Approach (< 1 %) 
• Set Molecule Name (< 1 %) 
• Substructure Search (< 1 %) 
• SVL Snippet (< 1 %) 
• Write ASCII (< 1 %) 
• Torch/Forge Molecule Viewer (< 1 %) 
• Predictor (< 1 %) 
• Reaxys Bioactivities (< 1 %) 
• Reaxys Reactions (< 1 %) 
• Reaxys Substances (< 1 %) 
• Combinatorial Reaction Enumeration (beta) (< 1 %) 
• Component Separator (< 1 %) 
• Feature Remover (< 1 %) 
• Hydrogen Adder (< 1 %) 
• Hydrogen Remover (< 1 %) 
• Isomer Enumerator (< 1 %) 
• Generate 2D Coordinates (< 1 %) 
• Murcko Scaffold (< 1 %) 
• Reaction Automapper (< 1 %) 
• Reaction Splitter (< 1 %) 
• Molecule Transformation (beta) (< 1 %) 
• ICon Conformer Generator (< 1 %) 
• AutoDock Vina (< 1 %) 
• Spotfire STDF File Writer (< 1 %) 
• PIBR InChI Generator (< 1 %) 
• PIBR Wash Structure (< 1 %) 
• Molecule Descriptor (< 1 %) 
• Molecule 3D Viewer (< 1 %) 
• Newlead (< 1 %) 
• R-Group Decomposer Extended (< 1 %) 
• AutoQSAR Build Model (< 1 %) 
• Run Maestro Command (< 1 %) 
• Set Molecule Title (< 1 %) 
• Stereoizer (< 1 %) 
• Speedy SMILES Chiral Centre Count (< 1 %) Streamable
• Speedy SMILES Element Count (C, N, O) (< 1 %) Streamable
• Speedy SMILES Clean Bonds (< 1 %) Streamable
• Align To Principal Axes (< 1 %) 
• MMP Molecule Fragment (RDKit) (< 1 %) Streamable
• MMP Molecule Filter (< 1 %) Deprecated
• Uniquify IDs (< 1 %) 
• PDB Property Extractor (< 1 %) Streamable
• SMARTSViewer (< 1 %) Streamable
• R Snippet (< 1 %) 
• BARD Search by Structure (< 1 %) 
• JChem Oracle Cartridge (< 1 %) 
• LibraryMCS (< 1 %) Streamable
• Set MolName And Comment (< 1 %) Streamable
• Split Into Fragments (< 1 %) Streamable
• Standardizer (< 1 %) Streamable
• Tautomers (< 1 %) Streamable
• Cyp Score (< 1 %) 
• Chemical Search (< 1 %) 
• Chemical Search (< 1 %) 
• Ligands and Proteins Viewer (< 1 %) Deprecated
• Proteins Viewer (< 1 %) Deprecated
• SyGMa Metabolites (< 1 %) 
• ChemSpider (< 1 %) 
• CheS-Mapper (< 1 %) 
• Duplicate Remover (< 1 %) 
• Reaction Vector Database Writer (< 1 %) 
• Reaction Vector Structure Generator (< 1 %) 
• De Novo Structure Generator (< 1 %) 
• Comparisonofmolecules (< 1 %) 
• RSV Database Writer (Multi-Threaded) (< 1 %) 
• RSV Database Writer (< 1 %) 
• Reaction Vector Generator (< 1 %) 
• Wildcard Parsing Node 2 - Halogen Builder (< 1 %) 
• Molecule Sanitizer (< 1 %) 
• Starting Material Generator (< 1 %) 
• Desirability Ranking (< 1 %) 
• Activity Cliffs Viewer (< 1 %) 
• Similarity Viewer (< 1 %) 
• String to Molecule (< 1 %) 
• Table to String (< 1 %) 
• Copy/Move Files (< 1 %) 
• Table Column to Variable (< 1 %) Deprecated
• Database Looping (legacy) (< 1 %) 
• Parameterized Database Query (legacy) (< 1 %) 
• Create Bit Vector (< 1 %) 
• Bootstrap Sampling (< 1 %) 
• Cell Replacer (< 1 %) Streamable
• Column Comparator (< 1 %) Streamable
• Number To String (< 1 %) Deprecated
• String To Number (< 1 %) StreamableDeprecated
• Column Aggregator (< 1 %) Streamable
• Column to Grid (< 1 %) 
• HiLite Row Splitter (< 1 %) 
• Pivoting (< 1 %) 
• Row Sampling (< 1 %) 
• Set Operator (< 1 %) 
• Transpose (< 1 %) 
• Unpivoting (< 1 %) 
• Rule-based Row Filter (< 1 %) Streamable
• Statistics (< 1 %) 
• Create Temp Dir (< 1 %) 
• Extract Table Dimension (< 1 %) 
• Scatter Plot (local) (< 1 %) 
• Save Workflow (< 1 %) 
• ColumnTextConverter (< 1 %) 
• WrappedNode Output (< 1 %) 
• k-Medoids (< 1 %) 
• Similarity Search (< 1 %) 
• MoSS MCSS Molecule Similarity (< 1 %) 
• Excel Sheet Appender (XLS) (< 1 %) Deprecated
• Java Edit Variable (simple) (< 1 %) 
• Java IF (Table) (< 1 %) 
• Dictionary Tagger (< 1 %) Streamable
• Column Filter (< 1 %) 
• Table View (< 1 %) 
• Table Editor (< 1 %) 
• JSON Schema Validator (< 1 %) 
• Columns to JSON (< 1 %) Streamable
• ImgPlus to PNG Images (< 1 %) 
• Feature Inserter (< 1 %) 
• Multi Feature Inserter (< 1 %) 
• Distance Matrix to Network (< 1 %) 
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) Deprecated
• Python View (< 1 %) Deprecated
• Python Script (1⇒2) (< 1 %) 
• Python Script (2⇒2) (< 1 %) 
• Dragon 7.0 Descriptors (< 1 %) 
• pKa (< 1 %) 
• PKa (< 1 %) 
• Inchi (< 1 %) 
• Graph Reducer (< 1 %) 
• Tautomers (< 1 %) 
• Converter (< 1 %) 
• Lhasa Type Caster (< 1 %) 
• Lhasa Type Caster (< 1 %) 
• SMARTCyp 2.4.2 (< 1 %) 
• WhichCyp 1.2 (< 1 %) 
• Transformation Applier (< 1 %) 
• Sarah Model Maker (< 1 %) 
• WhichCyp 1.0 (replaced) (< 1 %) 
• 2D Coordinates (< 1 %) 
• 3D Coordinates (< 1 %) 
• 3D D-Moments (< 1 %) 
• 3D D-Similarity (< 1 %) 
• XLogP (< 1 %) 
• Fingerprint Similarity (< 1 %) 
• Hydrogen Manipulator (< 1 %) 
• OPSIN (< 1 %) 
• 3D Viewer (< 1 %) 
• Presto Request (< 1 %) 
• RDKit Add Hs (< 1 %) Streamable
• RDKit Aromatizer (< 1 %) Streamable
• RDKit Functional Group Filter (< 1 %) 
• RDKit Interactive Table (< 1 %) 
• RDKit MCS (< 1 %) 
• RDKit Molecule Fragmenter (< 1 %) 
• RDKit Open 3D Alignment (< 1 %) 
• RDKit Optimize Geometry (< 1 %) Streamable
• RDKit R-Group Decomposition (deprecated) (< 1 %) 
• RDKit SDF Difference Checker (< 1 %) 
• RDKit SMILES Headers (< 1 %) 
• RDKit Substructure Counter (< 1 %) 
• PaDEL-Descriptor (< 1 %) 
• ChEBI Searcher (< 1 %) 
• Show all 285 recommendations

Workflows

• Chemspace_​nodes_​example_​WF 
• 01_​Example_​for_​using_​MoSS 
• _​01_​ComplexSARAnalysis 
• BindingDB_​FMCT-Fingerprint+MCS 
• BindingDB_​FMCT-Fingerprint,batch 
• BindingDB_​FMCT-MCS 
• 01_​Example_​for_​using_​MoSS 
• QSAR-ready_​KM 2.5 
• Show all 8 workflows

Installation

To use this node in KNIME, install ChemAxon/Infocom Marvin Extensions Feature from the following update site:

A zipped version of the software site can be downloaded here. Read our FAQs to get instructions about how to install nodes from a zipped update site.

Developers

You want to see the source code for this node? Click the following button and we’ll use our super-powers to find it for you.