RDKit Substructure Filter

Applies a substructure filter to an input RDKit Mol column. The substructure query is given as a single SMARTS pattern. Molecules that match the pattern appear in the first output table, molecules that don't match appear in the second output table.

Options

RDKit Mol column

The column containing the molecules

SMARTS query

A SMARTS string describing the query.

Do exact match

If this is set, only molecules containing the same number of atoms as the substructure query can match. This isn't exactly equivalent to an exact structure match, because query features in the query molecule can still be used, but it's close.

Match handling

Specify here, if an additional column with details about the match shall be added. It is possible to add the Atom List of the First Match or of all matches (overlaps possible).

Column name for matching atom list

The column name of the for the atom list column, if enabled.

Input Ports

Table with RDKit molecules

Output Ports

Molecules matching the substructure query

Molecules not matching the substructure query

Best Friends (Incoming)

• RDKit From Molecule (19 %) 
• Table Row to Variable (5 %) Deprecated
• Row Filter (4 %) Streamable
• SDF Reader (4 %) 
• RDKit Substructure Filter (4 %) 
• Table Row To Variable Loop Start (3 %) 
• Table Creator (3 %) 
• Molecule Type Cast (3 %) Streamable
• MarvinSketch (2 %) 
• Column Filter (2 %) Streamable
• Table Column to Variable (2 %) Deprecated
• Concatenate (2 %) Streamable
• GroupBy (2 %) 
• RDKit Canon SMILES (2 %) Streamable
• RDKit Molecule Substructure Filter (2 %) 
• MolConverter (1 %) Streamable
• File Reader (1 %) Streamable
• Loop End (1 %) 
• Chunk Loop Start (1 %) 
• Joiner (1 %) 
• RowID (1 %) Streamable
• String Manipulation (1 %) Streamable
• Java Snippet Row Splitter (1 %) Streamable
• RDKit Find Murcko Scaffolds (1 %) Streamable
• RDKit To Molecule (1 %) Streamable
• RDKit Salt Stripper (1 %) 
• Nominal Value Row Filter (< 1 %) Streamable
• Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Sorter (< 1 %) 
• Rule-based Row Filter (< 1 %) Streamable
• SDF Extractor (< 1 %) 
• OpenBabel (< 1 %) 
• Structure Converter (< 1 %) 
• RDKit Add Hs (< 1 %) Streamable
• RDKit Aromatizer (< 1 %) Streamable
• RDKit Structure Normalizer (< 1 %) 
• Atom Replacer (< 1 %) 
• Molecule Properties (< 1 %) 
• Substructure Matcher (< 1 %) 
• MAE-to-SD (< 1 %) 
• Advanced MolConverter (< 1 %) Streamable
• Table Reader (< 1 %) Streamable
• Java Edit Variable (< 1 %) 
• Column List Loop Start (< 1 %) 
• Recursive Loop End (2 ports) (< 1 %) 
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) StreamableDeprecated
• Column Aggregator (< 1 %) Streamable
• Column Appender (< 1 %) StreamableDeprecated
• Reference Row Filter (< 1 %) 
• Reference Row Splitter (< 1 %) 
• Subset Matcher (< 1 %) 
• Column Rename (< 1 %) Streamable
• Row Sampling (< 1 %) 
• Ungroup (< 1 %) Streamable
• Rule Engine (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Splitter (< 1 %) Streamable
• End IF (< 1 %) 
• Smiles Directory Reader (< 1 %) 
• Counter Generation (< 1 %) 
• Similarity Search (< 1 %) 
• Java Snippet (simple) (< 1 %) 
• String Input (< 1 %) 
• Molecule File Reader (< 1 %) 
• Inchi (< 1 %) 
• Ceres Draw (< 1 %) 
• Molecular Properties (< 1 %) 
• Substructure Search (< 1 %) 
• Structure Sketcher (< 1 %) 
• RDKit Generate Coords (< 1 %) Streamable
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) Streamable
• RDKit Functional Group Filter (< 1 %) 
• RDKit Interactive Table (< 1 %) 
• RDKit MCS (< 1 %) 
• RDKit Molecule Extractor (< 1 %) 
• RDKit Molecule Fragmenter (< 1 %) 
• RDKit One Component Reaction (< 1 %) 
• RDKit Fingerprint (< 1 %) Streamable
• RDKit Substructure Counter (< 1 %) 
• ChEBI Retriever (< 1 %) 
• Show all 79 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• RDKit Molecule Highlighting (7 %) Streamable
• Loop End (5 %) 
• CSV Writer (4 %) Streamable
• Joiner (4 %) 
• SDF Writer (4 %) 
• RDKit Molecule Substructure Filter (4 %) 
• RDKit Substructure Filter (4 %) 
• Concatenate (4 %) Streamable
• GroupBy (3 %) 
• Row Filter (2 %) Streamable
• RDKit Find Murcko Scaffolds (2 %) Streamable
• Column Filter (2 %) Streamable
• RDKit Functional Group Filter (2 %) 
• RDKit Substructure Counter (2 %) 
• Concatenate (Optional in) (2 %) StreamableDeprecated
• Reference Row Filter (2 %) 
• RDKit Canon SMILES (2 %) Streamable
• MarvinView (1 %) 
• Constant Value Column (1 %) Streamable
• Ungroup (1 %) Streamable
• Column Filter (1 %) 
• Substructure Search (1 %) 
• RDKit Descriptor Calculation (1 %) Streamable
• RDKit One Component Reaction (1 %) 
• RDKit R-Group Decomposition (deprecated) (1 %) 
• RDKit Two Component Reaction (1 %) 
• Isomer Enumerator (< 1 %) 
• Split Collection Column (< 1 %) 
• Loop End (2 ports) (< 1 %) 
• Cell Splitter (< 1 %) Deprecated
• HiLite Row Splitter (< 1 %) 
• Numeric Row Splitter (< 1 %) 
• Color Manager (< 1 %) 
• Interactive Table (local) (< 1 %) 
• Counter Generation (< 1 %) 
• MoSS (< 1 %) 
• Validation (< 1 %) 
• RDKit Generate Coords (< 1 %) Streamable
• RDKit Chemical Transformation (< 1 %) 
• RDKit From Molecule (< 1 %) 
• RDKit Fingerprint (< 1 %) Streamable
• RDKit To Molecule (< 1 %) Streamable
• Energy Minimizer (< 1 %) 
• Write MDB (< 1 %) 
• Molecule Properties (< 1 %) 
• Murcko Scaffold (< 1 %) 
• Substructure Matcher (< 1 %) 
• Data to Report (< 1 %) 
• R-Group Decomposer Extended (< 1 %) 
• MolConverter (< 1 %) Streamable
• CheS-Mapper (< 1 %) 
• De Novo Structure Generator with Scheme Awareness (< 1 %) 
• Variable to Table Column (< 1 %) StreamableDeprecated
• Table Row to Variable (< 1 %) Deprecated
• Table Writer (< 1 %) 
• Interval Loop Start (< 1 %) 
• Chunk Loop Start (< 1 %) 
• Column List Loop Start (< 1 %) 
• Linear Regression Learner (< 1 %) 
• Number To String (< 1 %) Deprecated
• Nominal Value Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Reference Row Splitter (< 1 %) 
• Partitioning (< 1 %) 
• Row Sampling (< 1 %) 
• Sorter (< 1 %) 
• String Manipulation (< 1 %) Streamable
• Unpivoting (< 1 %) 
• Rule-based Row Filter (< 1 %) Streamable
• Rule Engine (< 1 %) Streamable
• Statistics (< 1 %) 
• Empty Table Switch (< 1 %) 
• Molecule Type Cast (< 1 %) Streamable
• SDF Extractor (< 1 %) 
• Smiles Directory Writer (< 1 %) 
• Parallel Chunk Start (< 1 %) 
• Random Label Assigner (< 1 %) 
• Distance Matrix Calculate (< 1 %) 
• Similarity Search (< 1 %) 
• Math Formula (< 1 %) Streamable
• JPython Function (< 1 %) 
• Excel Writer (XLS) (< 1 %) Deprecated
• SelfOrganizingMap (3.7) (< 1 %) 
• SubGraph Extractor (< 1 %) 
• Properties (< 1 %) 
• Molecule to CDK (< 1 %) 
• Fingerprint Similarity (< 1 %) 
• Hydrogen Manipulator (< 1 %) 
• RDKit Add Hs (< 1 %) Streamable
• RDKit Calculate Charges (< 1 %) Streamable
• RDKit Diversity Picker (< 1 %) 
• RDKit Interactive Table (< 1 %) 
• RDKit Kekulizer (< 1 %) Streamable
• RDKit Molecule Catalog Filter (< 1 %) 
• RDKit Salt Stripper (< 1 %) 
• Show all 95 recommendations

Workflows

• _​01_​ChemicalLibraryEnumeration (KNIME Hub) 
• 01_​Hitlist_​Filter (KNIME Hub) 
• 02_​Bioactivity_​Prediction_​Transform (KNIME Hub) 
• 05_​ChEBI_​ontology_​explorer (KNIME Hub) 
• 06_​Find_​Scaffolds_​And_​Sidechains (KNIME Hub) 
• ChBEI_​ontology_​explorer (KNIME Hub) 
• RDKIT-pains (NodePit Space) 
• RDKIT-pains-parallel (NodePit Space) 
• TeachOpenCADD (KNIME Hub) 
• TeachOpenCADD_​Workflow6_​Maximum_​common_​substructure (KNIME Hub) 
• Show all 10 workflows

Installation

To use this node in KNIME, install RDKit KNIME JUnit Test from the following update site:

Developers

You want to see the source code for this node? Click the following button and we’ll use our super-powers to find it for you.