R to Table

Converts a data frame from an R workspace into a KNIME data table. The result data is returned at the data out-port. Please, use the variable name knime.out for the data frame.

More details about R:
http://www.r-project.org/
Short-refcard.pdf

Options

R Snippet

R Script

The R commands to run. The data frame that should appear at the output is expected to be stored in knime.out.

The node also allows to access and modify flow variables. You can access all flow variables at knime.flow.in and please add all new or modified flow variables to the list at knime.flow.out.

Examples

Take the input "data" and send it to the output:

knime.out <- data.frame(data)

Read the data from the file defined by the flow variable fname:

data <- read.table(knime.flow.in[["fname"]])

Compute students t-test and store the p-value in the flow variable p.value:

h <- t.test(knime.in["d"])
knime.flow.out <- list(p.value = h[["p.value"]])

Flow Variable List

The list contains the flow variables that are currently available at the node input. Double clicking any of the entries will insert the respective identifier at the current cursor position (replacing the selection, if any).

Templates

Category - Title

A categorized list of R script templates. The apply button at the left will replace the R script and guide you to the R Snippet tab.

Please use "Create Template..." button on the R Snippet tab to add the current R script to the list of templates.

Advanced

NaNs

Convert NaN and +/-Infinity output to missing cells. Enable this for backwards compatibility with the behavior before version 2.10.

Input Ports

R Input

Output Ports

Data Table Output

Views

R Std Output

The text sent to standard out during the execution of R executable as well as the text of the .Rout file generated by R.

R Error Output

The text sent to standard error during the execution of R executable as well as the text of the .Rout file generated by R. (If it appears in gray, it's the output of a previously failing run which is preserved for your trouble shooting.)

Best Friends (Incoming)

• Table to R (37 %) 
• R To R (21 %) 
• Add Table To R (17 %) 
• R Source (Workspace) (13 %) 
• R Learner (4 %) 
• R Model Reader (1 %) 
• Mol2 Writer (< 1 %) 
• R Snippet (< 1 %) 
• Flow Variable IF Switch (< 1 %) 
• Catch Errors (Generic Ports) (< 1 %) 
• Extract Variables (Data) (< 1 %) 
• Table Column to Variable (< 1 %) 
• Table Row to Variable (< 1 %) 
• Table Row To Variable Loop Start (< 1 %) 
• CSV Writer (< 1 %) Streamable
• Math Formula (Variable) (< 1 %) 
• Integer Input (< 1 %) 
• String Input (< 1 %) 
• Parameter Optimization Loop Start (< 1 %) 
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) Deprecated
• R View (Table) (< 1 %) 
• R Model Writer (< 1 %) 
• Show all 22 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• Joiner (7 %) 
• CSV Writer (6 %) Streamable
• GroupBy (3 %) 
• Column Filter (3 %) Streamable
• R Snippet (3 %) 
• Row Filter (2 %) Streamable
• Table to R (2 %) 
• Column Rename (2 %) Streamable
• Database Writer (legacy) (2 %) Streamable
• Concatenate (2 %) Streamable
• Rule-based Row Filter (2 %) Streamable
• WrappedNode Output (2 %) 
• Math Formula (2 %) Streamable
• R View (Table) (2 %) 
• Loop End (1 %) 
• RowID (1 %) Streamable
• Sorter (1 %) 
• String Manipulation (1 %) Streamable
• XLS Sheet Appender (1 %) Deprecated
• Add Table To R (1 %) 
• PCA (< 1 %) Deprecated
• Column Appender (< 1 %) Streamable
• Column Resorter (< 1 %) Streamable
• Cross Joiner (< 1 %) Streamable
• Missing Value (< 1 %) 
• Transpose (< 1 %) 
• Scatter Plot (local) (< 1 %) 
• Interactive Table (local) (< 1 %) 
• Container Output (JSON) (< 1 %) 
• R Predictor (< 1 %) 
• Data to Report (< 1 %) 
• Catch Errors (Data Ports) (< 1 %) 
• Table Row to Variable (< 1 %) 
• Scorer (< 1 %) 
• Auto-Binner (< 1 %) 
• Number To String (< 1 %) Deprecated
• String To Number (< 1 %) StreamableDeprecated
• Missing Value Column Filter (< 1 %) 
• Normalizer (< 1 %) 
• Partitioning (< 1 %) 
• Column Splitter (< 1 %) Streamable
• String Replacer (< 1 %) Streamable
• Unpivoting (< 1 %) 
• Data Explorer (< 1 %) 
• Statistics (< 1 %) 
• IF Switch (< 1 %) 
• Crosstab (local) (< 1 %) 
• Line Plot (local) (< 1 %) 
• ROC Curve (local) (< 1 %) 
• Parallel Chunk End (< 1 %) 
• Excel Writer (XLS) (< 1 %) 
• Google Sheets Updater (< 1 %) 
• Generic JavaScript View (< 1 %) 
• Line Plot (< 1 %) 
• ROC Curve (< 1 %) 
• R Learner (< 1 %) 
• String to Date/Time (legacy) (< 1 %) Streamable
• RapidMiner Viewer (< 1 %) 
• Benchmark End (< 1 %) 
• R Plot (< 1 %) 
• R Snippet (< 1 %) 
• R Plot (< 1 %) 
• 2D/3D Scatterplot (< 1 %) 
• Create Collection Column (< 1 %) Streamable
• Variable to Table Column (< 1 %) Streamable
• Table Column to Variable (< 1 %) 
• Table Row To Variable Loop Start (< 1 %) 
• CSV Reader (< 1 %) 
• Database Table Creator (legacy) (< 1 %) 
• Table Writer (< 1 %) 
• Java Snippet (< 1 %) Streamable
• Column List Loop Start (< 1 %) 
• Variable Condition Loop End (< 1 %) 
• Generic Loop Start (< 1 %) 
• Recursive Loop End (< 1 %) 
• X-Partitioner (< 1 %) 
• k-Means (< 1 %) 
• DBSCAN (< 1 %) 
• Decision Tree Learner (< 1 %) 
• Decision Tree Predictor (< 1 %) 
• K Nearest Neighbor (< 1 %) StreamableDeprecated
• PCA Compute (< 1 %) Deprecated
• Linear Regression Learner (< 1 %) 
• Logistic Regression Learner (< 1 %) 
• Numeric Scorer (< 1 %) Deprecated
• Gradient Boosted Trees Learner (Regression) (< 1 %) 
• PMML Gradient Boosted Trees Predictor (Regression) (< 1 %) Streamable
• Gradient Boosted Trees Predictor (Regression) (< 1 %) Streamable
• Tree Ensemble Learner (< 1 %) 
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) Streamable
• Numeric Binner (< 1 %) Streamable
• Case Converter (< 1 %) Streamable
• Column Auto Type Cast (< 1 %) 
• Column Comparator (< 1 %) Streamable
• String To SVG (< 1 %) 
• Column Aggregator (< 1 %) Streamable
• Insert Column Header (< 1 %) 
• Column Merger (< 1 %) Streamable
• Column Rename (Regex) (< 1 %) Streamable
• Constant Value Column (< 1 %) Streamable
• Linear Correlation (< 1 %) 
• Double To Int (< 1 %) Streamable
• Reference Column Filter (< 1 %) Streamable
• Reference Column Splitter (< 1 %) Streamable
• HiLite Row Splitter (< 1 %) 
• Reference Row Filter (< 1 %) 
• Reference Row Splitter (< 1 %) 
• Round Double (< 1 %) Streamable
• Value Counter (< 1 %) 
• Rule Engine (< 1 %) Streamable
• Rank Correlation (< 1 %) 
• One-way ANOVA (< 1 %) 
• Single sample t-test (< 1 %) 
• CASE Switch Variable (Start) (< 1 %) 
• Empty Table Switch (< 1 %) 
• CASE Switch Data (End) (< 1 %) 
• End IF (< 1 %) 
• CASE Switch Data (Start) (< 1 %) 
• Extract Table Dimension (< 1 %) 
• Extract Table Spec (< 1 %) 
• Send Email (< 1 %) 
• Timer Info (< 1 %) 
• Conditional Box Plot (local) (< 1 %) 
• Histogram (local) (< 1 %) 
• Pie chart (local) (< 1 %) 
• Box Plot (local) (< 1 %) 
• Color Manager (< 1 %) 
• SDF Writer (< 1 %) 
• Parallel Chunk Start (< 1 %) 
• k-Medoids (< 1 %) 
• Table to PDF (< 1 %) 
• External Tool (< 1 %) 
• Math Formula (Multi Column) (< 1 %) Streamable
• HeatMap (JFreeChart) (< 1 %) 
• Histogram Chart (JFreeChart) (< 1 %) 
• Line Chart (JFreeChart) (< 1 %) 
• Scatter Plot (JFreeChart) (< 1 %) 
• XLS Writer (< 1 %) Deprecated
• Excel Sheet Appender (XLS) (< 1 %) 
• Java Snippet (simple) (< 1 %) 
• Java IF (Table) (< 1 %) 
• Column Filter (< 1 %) 
• Generic JavaScript View (< 1 %) 
• Table View (< 1 %) 
• Line Plot (< 1 %) 
• String to JSON (< 1 %) Streamable
• Table to JSON (< 1 %) 
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) Deprecated
• Python Learner (< 1 %) Deprecated
• String to Date&Time (< 1 %) Streamable
• UNIX Timestamp to Date&Time (< 1 %) Streamable
• RDKit From Molecule (< 1 %) 
• Show all 152 recommendations

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME R-Project nodes from the following update site: