Numeric Distances

KNIME Distance Matrix Extension version 3.7.0.v201809280949 by KNIME AG, Zurich, Switzerland

Distance definition on numerical column(s), like for instance Euclidean or Manhattan distance. Parameters for missing value handling and normalization can be set depending on the selected distance function.

Options

Column Selection

Choose the columns for which the numeric distance measure is defined.

Distance Selection

Select and configure the distance to be used for measurement. Additional information is available through the help button in the configuration dialog.

Standard Distance (Euclidean/ Manhattan)
The Minkowski or Lp-Norm distance generalizes the Euclidean or Manhattan distance

Cosine Distance
Cosine similarity is a measure of similarity between two vectors of an inner product space that measures the cosine of the angle between them. This distance function is 1 - cosine-similarity and can take range [0,2].

Input Ports

Input data.

Output Ports

The configured distance.

Best Friends (Incoming)

• Column Filter (14 %) ManipulatorStreamable
• Normalizer (10 %) Manipulator
• File Reader (9 %) SourceStreamable
• CSV Reader (7 %) Source
• Partitioning (4 %) Manipulator
• Excel Reader (XLS) (4 %) SourceStreamable
• Missing Value (3 %) Manipulator
• Row Filter (3 %) ManipulatorStreamable
• Category To Number (2 %) ManipulatorStreamable
• Joiner (2 %) Manipulator
• Inject Variables (Data) (2 %) Other
• Parameter Optimization Loop Start (2 %) LoopStart
• R Snippet (2 %) Manipulator
• k-Means (1 %) Learner
• Concatenate (1 %) ManipulatorStreamable
• Column Rename (1 %) ManipulatorStreamable
• RowID (1 %) ManipulatorStreamable
• Transpose (1 %) Manipulator
• Rule-based Row Filter (1 %) ManipulatorStreamable
• Color Manager (1 %) Visualizer
• Split Collection Column (< 1 %) Manipulator
• Database Reader (< 1 %) Source
• Table Reader (< 1 %) SourceStreamable
• DBSCAN (< 1 %) Learner
• String To Number (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Column Resorter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Row Splitter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• GroupBy (< 1 %) Manipulator
• XLS Reader (< 1 %) SourceDeprecated
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) SourceStreamableDeprecated
• Java Snippet (simple) (< 1 %) Manipulator
• R Snippet (< 1 %) Manipulator
• ARFF Reader (< 1 %) Source
• Table Creator (< 1 %) Source
• Java Snippet (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Chunk Loop Start (< 1 %) LoopStart
• Group Loop Start (< 1 %) LoopStart
• X-Partitioner (< 1 %) LoopStart
• Hierarchical Clustering (< 1 %) Learner
• Decision Tree Predictor (< 1 %) Predictor
• PCA Apply (< 1 %) Manipulator
• PCA (< 1 %) Manipulator
• Simple Regression Tree Predictor (< 1 %) PredictorStreamable
• Number To String (< 1 %) Manipulator
• Column Appender (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Insert Column Header (< 1 %) Manipulator
• Column Rename (Regex) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Linear Correlation (< 1 %) Other
• Correlation Filter (< 1 %) Manipulator
• Domain Calculator (< 1 %) Manipulator
• Equal Size Sampling (< 1 %) Manipulator
• Reference Column Filter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Missing Value Column Filter (< 1 %) Manipulator
• Nominal Value Row Filter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Pivoting (< 1 %) Manipulator
• Row Sampling (< 1 %) Manipulator
• Shuffle (< 1 %) Manipulator
• Sorter (< 1 %) Manipulator
• Rule Engine (< 1 %) PredictorStreamable
• Statistics (< 1 %) Visualizer
• Distance Matrix Calculate (< 1 %) Manipulator
• k-Medoids (< 1 %) Learner
• K Nearest Neighbor (Distance Function) (< 1 %) LearnerDeprecated
• Similarity Search (< 1 %) Manipulator
• Math Formula (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Math Formula (Multi Column) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Document Vector Applier (< 1 %) Predictor
• Image Features (< 1 %) 
• Python Script (2⇒1) (< 1 %) Manipulator
• R Source (Table) (< 1 %) Source
• Date&Time Difference (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Outlier Removal (< 1 %) Source
• Cluster Assigner (< 1 %) PredictorStreamable
• Regression Predictor (< 1 %) PredictorDeprecated
• SMOTE (< 1 %) Manipulator
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Create Bit Vector (< 1 %) Manipulator
• Create Byte Vector (< 1 %) Manipulator
• Column Auto Type Cast (< 1 %) Manipulator
• Column Aggregator (< 1 %) ManipulatorStreamable
• One to Many (< 1 %) Manipulator
• Normalizer (PMML) (< 1 %) Manipulator
• Round Double (< 1 %) ManipulatorStreamable
• String Manipulation (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Cache (< 1 %) Other
• Color Appender (< 1 %) Visualizer
• Parallel Chunk Start (< 1 %) LoopStart
• MoSS MCSS Molecule Similarity (< 1 %) Learner
• Category To Class (< 1 %) Learner
• NGram Creator (< 1 %) Learner
• Term Vector (< 1 %) Manipulator
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) ManipulatorDeprecated
• Extract Time Window (legacy) (< 1 %) Manipulator
• RDKit Fingerprint (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Show all 95 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• DBSCAN (33 %) Learner
• K Nearest Neighbor (Distance Function) (21 %) LearnerDeprecated
• k-Medoids (18 %) Learner
• Distance Matrix Calculate (10 %) Manipulator
• Hierarchical Clustering (DistMatrix) (8 %) Learner
• Similarity Search (6 %) Manipulator
• Aggregated Distance (4 %) Manipulator
• Model Writer (< 1 %) Sink
• OPTICS Cluster Compute (< 1 %) Learner
• ColumnDistance (< 1 %) Manipulator
• Show all 10 recommendations

Workflows

• 02_Performing_a_k-Medoids_Clustering
• 07_Simple_Document_Classification_Using_Word_Vectors
• 02_Anonymize_personal_data
• Numeric Distances
• DBSCAN
• Four_Techniques_Outlier_Detection
• Show all 6 workflows

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME Distance Matrix Extension from the following update site: