External Tool

Allows running an external program on the data. It will write out the incoming datatable into a temporary file which can be used as an input to an external tool. After the tool finishes the node will read in an output file the tool has (hopefully) created.
NOTE: Running an external executable takes the control out of our hands. There will be no progress, no failure message, exceptions will not be caught, it may even cause the entire KNIME platform to fail and you loose any unsaved data, etc. Especially, if a shell script (or .bat file) creates sub processes (by calling other programs), these sub processes will continue living even if the node gets canceled. Furthermore, their output will not be fetched, causing them (possibly) to block (not finishing their job) and to exist until you kill them off manually.
Highlighting will not work across this node. Colors are lost (the Color Manager node must be inserted in the flow to re-generate colors).
The output of the external tool is caught and can be seen in the node's views (the last 500 lines only, full output is logged to KNIME's log file - if the log level is set to DEBUG, which is the default).

Options

Input Data File

Enter a file path and name. Before calling the external tool the data from the input port will be written into this file - with the column separator specified and with or without column names and row IDs, depending on the corresponding checkmarks.

External Tool

Specify an existing and executable file that will be called with the specified command line arguments. Before executing this external tool, the current working directory is set to the specified directory. The input file is NOT automatically transfered into the external tool. You need to specify appropriate command line arguments to read this file with your external tool. The tool also needs to write its output into the specified location, in order for the node to pick it up from there.

Output Data File

Specify the file that is created by the external tool with its output data. The node reads the content of this file and provides it at its output port. Also specify the separation character used in the file and if the file contains column names and row IDs.

Input Ports

Input data for the external tool

Output Ports

Data read from the output file of the tool

Views

Tool Output

The text sent to standard out during the execution of the external tool. (If it appears in gray, it's the output of a previously failing run which is preserved for your trouble shooting.)
NOTE: Keeping the view open may slow down the process significantly, if it produces a lot of output in a short amount of time.

Tool Error Output

The text sent to standard error output during the execution of the external tool. (If it appears in gray, it's the output of a previously failing run which is preserved for your trouble shooting.)

Best Friends (Incoming)

• CSV Writer (11 %) Streamable
• Column Filter (6 %) Streamable
• File Reader (5 %) Streamable
• CSV Reader (4 %) 
• Table Creator (4 %) 
• Empty Table Creator (3 %) 
• SDF Writer (2 %) 
• External Tool (2 %) 
• String Manipulation (2 %) Streamable
• Concatenate (2 %) Streamable
• Column Rename (2 %) Streamable
• Send Email (2 %) 
• Table Row to Variable (1 %) 
• Variable to Table Row (1 %) 
• Database Reader (legacy) (1 %) 
• Column Resorter (1 %) Streamable
• Row Splitter (1 %) Streamable
• External SSH Tool (1 %) 
• Create Date&Time Range (1 %) 
• Molecule Writer (from MAE) (< 1 %) 
• Wait... (< 1 %) 
• Java Edit Variable (< 1 %) 
• Joiner (< 1 %) 
• Column Splitter (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Filter (< 1 %) Streamable
• SDF Reader (< 1 %) 
• Unzip Files (< 1 %) 
• Extract Variables (Data) (< 1 %) 
• List Files (< 1 %) 
• Java Snippet (< 1 %) Streamable
• Chunk Loop Start (< 1 %) 
• Row Filter (< 1 %) Streamable
• GroupBy (< 1 %) 
• Partitioning (< 1 %) 
• Missing Value (< 1 %) 
• Sorter (< 1 %) 
• String Manipulation (Variable) (< 1 %) 
• Rule Engine (< 1 %) Streamable
• Rule-based Row Splitter (< 1 %) Streamable
• Merge Variables (< 1 %) 
• Generic Web Service Client (< 1 %) 
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) Streamable
• Image Writer (< 1 %) Streamable
• R Snippet (< 1 %) 
• GET Request (< 1 %) Streamable
• SMILES Input (< 1 %) 
• IF Switch (Flow Variable Value) (< 1 %) Deprecated
• Save File Locally (< 1 %) Streamable
• Matlab Snippet (< 1 %) 
• Binary Objects to Files (< 1 %) 
• Delete Files (< 1 %) 
• Download / Upload from List (< 1 %) 
• Extract URI Info (< 1 %) 
• Files to Binary Objects (< 1 %) 
• Port to URI (< 1 %) 
• String to URI (< 1 %) 
• Try (Data Ports) (< 1 %) 
• Variable to Table Column (< 1 %) Streamable
• Inject Variables (Data) (< 1 %) 
• Table Column to Variable (< 1 %) 
• Read Images (< 1 %) 
• Database Connection Table Reader (legacy) (< 1 %) 
• Database Delete (legacy) (< 1 %) 
• Database Writer (legacy) (< 1 %) Streamable
• Extract System Properties (< 1 %) 
• Table Reader (< 1 %) Streamable
• Loop End (< 1 %) 
• Column List Loop Start (< 1 %) 
• Group Loop Start (< 1 %) 
• Variable Loop End (< 1 %) 
• X-Partitioner (< 1 %) 
• Regression Predictor (< 1 %) Deprecated
• Gradient Boosted Trees Predictor (< 1 %) StreamableDeprecated
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) Streamable
• Column Combiner (< 1 %) Streamable
• String To Number (< 1 %) StreamableDeprecated
• Column Appender (< 1 %) Streamable
• Column Rename (Regex) (< 1 %) Streamable
• One to Many (< 1 %) 
• Constant Value Column (< 1 %) Streamable
• Create Table Structure (< 1 %) 
• Reference Row Filter (< 1 %) 
• Regex Split (< 1 %) Streamable
• String Replacer (< 1 %) Streamable
• String Replace (Dictionary) (< 1 %) Streamable
• Transpose (< 1 %) 
• Ungroup (< 1 %) Streamable
• Empty Table Switch (< 1 %) 
• IF Switch (< 1 %) 
• Cache (< 1 %) 
• Create Temp Dir (< 1 %) 
• Data Generator (< 1 %) Streamable
• Color Manager (< 1 %) 
• Parallel Chunk Start (< 1 %) 
• One Rule Inserter (< 1 %) 
• OpenBabel (< 1 %) 
• Math Formula (< 1 %) Streamable
• XLS Reader (< 1 %) Deprecated
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) StreamableDeprecated
• Excel Sheet Appender (XLS) (< 1 %) 
• Excel Writer (XLS) (< 1 %) 
• Java Edit Variable (simple) (< 1 %) 
• Java IF (Table) (< 1 %) 
• Document Grabber (< 1 %) 
• PDF Parser (< 1 %) 
• External Tool (Labs) (< 1 %) 
• List Box Input (< 1 %) 
• String Input (< 1 %) 
• JSON Reader (< 1 %) 
• JSON to Table (< 1 %) 
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) Deprecated
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) Deprecated
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) Deprecated
• Python Source (< 1 %) Deprecated
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) 
• Python Source (< 1 %) 
• R Source (Table) (< 1 %) 
• R to Table (< 1 %) 
• Time Generator (legacy) (< 1 %) 
• XML Reader (< 1 %) 
• Sum Formula (< 1 %) 
• Bash (< 1 %) 
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) Streamable
• Show all 123 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• External Tool (7 %) 
• CSV Reader (5 %) 
• CSV Writer (4 %) Streamable
• Send Email (4 %) 
• External SSH Tool (4 %) 
• External Tool (Labs) (4 %) 
• File Reader (3 %) Streamable
• Loop End (3 %) 
• Column Filter (3 %) Streamable
• Row Filter (3 %) Streamable
• Wait... (2 %) 
• Catch Errors (Data Ports) (2 %) 
• Database Reader (legacy) (2 %) 
• Database Writer (legacy) (2 %) Streamable
• List Files (2 %) 
• Table Writer (2 %) 
• Concatenate (2 %) Streamable
• Column Appender (2 %) Streamable
• Joiner (2 %) 
• WrappedNode Output (2 %) 
• JSON Reader (2 %) 
• R Snippet (2 %) 
• Table to HTML String (2 %) Streamable
• GET Resource (Batch) (1 %) 
• Table Viewer (1 %) 
• R Snippet (2:1) (1 %) 
• Copy/Move Files (1 %) 
• Files to Binary Objects (1 %) 
• String to URI (1 %) 
• Table Row To Variable Loop Start (1 %) 
• Image Writer (Port) (1 %) 
• Java Edit Variable (1 %) 
• Variable Condition Loop End (1 %) 
• Variable Loop End (1 %) 
• Reference Row Splitter (1 %) 
• Column Splitter (1 %) Streamable
• Rule-based Row Filter (1 %) Streamable
• Rule Engine (1 %) Streamable
• Color Manager (1 %) 
• Interactive Table (local) (1 %) 
• Molecule Type Cast (1 %) Streamable
• SDF Reader (1 %) 
• Call Local Workflow (Row Based) (1 %) 
• Line Chart (JFreeChart) (1 %) 
• Table Indexer (1 %) 
• Excel Reader (XLS) (1 %) StreamableDeprecated
• String Input (1 %) 
• Table View (1 %) 
• Table to JSON (1 %) 
• Call Workflow (Table Based) (1 %) 
• R Source (Table) (1 %) 
• String to Date/Time (legacy) (1 %) Streamable
• XML Reader (1 %) 
• Bash (1 %) 
• Show all 54 recommendations

Workflows

• img2str

Installation

To use this node in KNIME, install KNIME External Tool Node from the following update site: