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GhostBuster_​of_​SDF

「日本語使うと何かが起きる」の一例として、SDファイル(SDF)を日本の創薬化学者がKNIMEで扱ってよく遭遇する困りごとを再現してみました。


文字化けを防ぎたいなら英名にするのが無難不要カラムを除去上のNodeと設定は同じUTF-8knime://knime.workflow/data/Sample.sdfencodingをSHIFT-JISと手打ちで設定このノードでは、SDFカラムからすべてのプロパティを削除し、分子ブロックのみを残します。 knime://knime.workflow/data/Output.sdfSDF Stripperを利用すると元のSDFファイルの中のSDFカラムに残り続けた不要データを削除してくれるので自分が選んだカラム群のデータだけがSDF Writerで書き込まれている knime://knime.workflow/data/Output_with_Ghost.sdf消したはずのカラムが幽霊のように残っている設定を見る限りカラムの絞り込みをしてあるUTF-8 knime://knime.workflow/data/Sample.sdfencodingを間違えて設定しUTF-8形式で読んでしまうとSHIFT-JIS形式で書かれた日本語データは文字化けしてしまうColumn Rename Column Filter SDF Writer SDF Reader SDF Stripper SDF Reader SDF Reader SDF Writer SDF Reader 文字化けを防ぎたいなら英名にするのが無難不要カラムを除去上のNodeと設定は同じUTF-8knime://knime.workflow/data/Sample.sdfencodingをSHIFT-JISと手打ちで設定このノードでは、SDFカラムからすべてのプロパティを削除し、分子ブロックのみを残します。 knime://knime.workflow/data/Output.sdfSDF Stripperを利用すると元のSDFファイルの中のSDFカラムに残り続けた不要データを削除してくれるので自分が選んだカラム群のデータだけがSDF Writerで書き込まれている knime://knime.workflow/data/Output_with_Ghost.sdf消したはずのカラムが幽霊のように残っている設定を見る限りカラムの絞り込みをしてあるUTF-8 knime://knime.workflow/data/Sample.sdfencodingを間違えて設定しUTF-8形式で読んでしまうとSHIFT-JIS形式で書かれた日本語データは文字化けしてしまう Column Rename Column Filter SDF Writer SDF Reader SDF Stripper SDF Reader SDF Reader SDF Writer SDF Reader

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To use this workflow in KNIME, download it from the below URL and open it in KNIME:

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Created by: katsu
Created at: 2024-04-13
On NodePit since: 2024-05-02
Last update: 2025-03-08
Created with KNIME version: v4.7.4
Tags: #SDF Stripper#SHIFT-JIS#UTF-8#文字化け#消せないカラム#日本語使うと何かが起きる

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