Icon

KniMet1.2.8_​KNIMESTed

KniMet1.2.8_KNIMESTed
Deconvolution Insert missing valuesymbol Feature Filtering Missing ValueImputation Normalisation Data Preparation Write Output Annotation R利用環境が整備出来ていない場合に備えてデモデータをtableとして提供 (by KNIMEST 2022.5.7) 注意 (by KNIMEST 2022.5.7)R Source (Table)ノードを正常に動かすためにはpackage群のインストールのためにRServe ver.1.8.6以上の環境整備が必要参考：https://docs.knime.com/2021-12/r_installation_guide/index.html?fbclid=IwAR0oxyyGqVAW4V9OYbVtBnoicP_h_3NrHCpAFe- KniMet体験用workflow (WF)について：(情報のソース)https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29576760/https://github.com/sonial/KniMetUniversity of CambridgeのSonia LiggiさんらのKniMetという取り組みに感動したので、Rなどの環境設定が難しい場合でもWFの勉強ができるようにと一部の重要なファイル群をWF内のdataフォルダに格納しました。 Keep onlysamples and met_IDPerform pre-processingwith XCMS and CAMERA Node 1562Node 1563Read DeconvolutionoutputR Source (Table)ノードからのデモデータを保存Dataset_from_R_Source_Table.table Column Filter R Source (Table) UniformColumn Names QC-based FeaturesFiltering MVI - KNN MVI - RF PQN Normalisationby Sum Blank-BasedFeatures Filtering LOESS BatchCorrection Feature Annotation Joiner (deprecated) Insert missingvalue symbol Feature Annotation -Internal2external QC dilution series-basedFeatures Filtering MVI - SV CSV Writer Excel Writer CSV Reader Feature Annotationfrom internal IMS DB Table Writer Table Reader Deconvolution Insert missing valuesymbol Feature Filtering Missing ValueImputation Normalisation Data Preparation Write Output Annotation R利用環境が整備出来ていない場合に備えてデモデータをtableとして提供 (by KNIMEST 2022.5.7) 注意 (by KNIMEST 2022.5.7)R Source (Table)ノードを正常に動かすためにはpackage群のインストールのためにRServe ver.1.8.6以上の環境整備が必要参考：https://docs.knime.com/2021-12/r_installation_guide/index.html?fbclid=IwAR0oxyyGqVAW4V9OYbVtBnoicP_h_3NrHCpAFe- KniMet体験用workflow (WF)について：(情報のソース)https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29576760/https://github.com/sonial/KniMetUniversity of CambridgeのSonia LiggiさんらのKniMetという取り組みに感動したので、Rなどの環境設定が難しい場合でもWFの勉強ができるようにと一部の重要なファイル群をWF内のdataフォルダに格納しました。 Keep onlysamples and met_IDPerform pre-processingwith XCMS and CAMERA Node 1562Node 1563Read DeconvolutionoutputR Source (Table)ノードからのデモデータを保存Dataset_from_R_Source_Table.table Column Filter R Source (Table) UniformColumn Names QC-based FeaturesFiltering MVI - KNN MVI - RF PQN Normalisationby Sum Blank-BasedFeatures Filtering LOESS BatchCorrection Feature Annotation Joiner (deprecated) Insert missingvalue symbol Feature Annotation -Internal2external QC dilution series-basedFeatures Filtering MVI - SV CSV Writer Excel Writer CSV Reader Feature Annotationfrom internal IMS DB Table Writer Table Reader

Nodes

Extensions

Links

Download

To use this workflow in KNIME, download it from the below URL and open it in KNIME:

Download Workflow
Created by: sl584
Created at: 2017-09-22
On NodePit since: 2022-05-04
Last update: 2024-12-17
Created with KNIME version: v4.4.1
Tags: KniMet

Deploy, schedule, execute, and monitor your KNIME workflows locally, in the cloud or on-premises – with our brand new NodePit Runner.

Try NodePit Runner!