RDKit R Group Decomposition

RDKit Nodes for Knime version 3.4.0.v201807311105 by NIBR

Does an R group decomposition for an input RDKit Mol column.

Options

RDKit Mol column

The column containing molecules

Core SMARTS

A SMARTS describing the core to use.

Input Ports

Data with SMILES or RDKit Molecule column

Output Ports

Table with R groups added

Best Friends (Incoming)

• Table Row to Variable (22 %) Other
• RDKit From Molecule (17 %) Manipulator
• RDKit Substructure Filter (9 %) Manipulator
• MarvinSketch (4 %) Source
• Table Column to Variable (4 %) Other
• Column Filter (4 %) ManipulatorStreamable
• Column Rename (4 %) ManipulatorStreamable
• Ungroup (4 %) ManipulatorStreamable
• Molecule Type Cast (4 %) ManipulatorStreamable
• Substructure Search (4 %) Manipulator
• RDKit Generate Coords (4 %) ManipulatorStreamable
• RDKit MCS (4 %) Manipulator
• RDKit Molecule Substructure Filter (4 %) Manipulator
• RDKit To Molecule (4 %) ManipulatorStreamable
• RDKit SMILES Headers (4 %) Manipulator
• Advanced MolConverter (< 1 %) 
• MolConverter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Row Filter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Reference Row Filter (< 1 %) Manipulator
• Joiner (< 1 %) Manipulator
• CDK to Molecule (< 1 %) Manipulator
• Fingerprint Similarity (< 1 %) Other
• 3D RMSD (< 1 %) Other
• RDKit Canon SMILES (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Descriptor Calculation (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Molecule Highlighting (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RDKit Molecule Catalog Filter (< 1 %) Manipulator
• RDKit Find Murcko Scaffolds (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Show all 28 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• Murcko Scaffold (38 %) Manipulator
• Column Filter (15 %) ManipulatorStreamable
• Column Aggregator (8 %) ManipulatorStreamable
• Constant Value Column (8 %) ManipulatorStreamable
• GroupBy (8 %) Manipulator
• Sorter (8 %) Manipulator
• RDKit Generate Coords (8 %) ManipulatorStreamable
• RDKit SMILES Headers (8 %) Manipulator
• Feature Remover (< 1 %) Manipulator
• Spotfire STDF File Writer (< 1 %) 
• Java Snippet (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Loop End (< 1 %) LoopEnd
• Atom Signatures (< 1 %) Other
• RDKit Chemical Transformation (< 1 %) Manipulator
• Show all 14 recommendations

Workflows

• 06_Find_Scaffolds_And_Sidechains

Installation

To use this node in KNIME, install RDKit Nodes for Knime from the following update site: