RDKit R-Group Decomposition (deprecated)

Does an R-Group decomposition for an input RDKit Mol column. It is planned to deprecate this node soon, so that it cannot be used in new workflows anymore. It will be replaced by a new one developed based on RDKit functionality that was added in 2018/2019.

Options

RDKit Mol column

The column containing molecules.

Core SMARTS

A SMARTS describing the core to use.

Input Ports

Data with SMILES or RDKit Molecule column

Output Ports

Table with R groups added

Best Friends (Incoming)

• Table Row to Variable (15 %) Deprecated
• RDKit From Molecule (8 %) 
• RDKit Molecule Highlighting (5 %) Streamable
• RDKit Substructure Filter (5 %) 
• R-Group Decomposer (3 %) 
• Table Column to Variable (3 %) Deprecated
• Column Rename (3 %) Streamable
• Molecule Type Cast (3 %) Streamable
• RDKit Find Murcko Scaffolds (3 %) Streamable
• Advanced MolConverter (2 %) Streamable
• MarvinSketch (2 %) 
• MolConverter (2 %) Streamable
• Table Row To Variable Loop Start (2 %) 
• Generic Loop Start (2 %) 
• Group Loop Start (2 %) 
• Concatenate (2 %) Streamable
• Column Filter (2 %) Streamable
• Row Splitter (2 %) Streamable
• Row Filter (2 %) Streamable
• Reference Row Filter (2 %) 
• GroupBy (2 %) 
• Joiner (2 %) 
• Ungroup (2 %) Streamable
• SDF Reader (2 %) 
• CDK to Molecule (2 %) 
• Fingerprint Similarity (2 %) 
• 3D RMSD (2 %) 
• Substructure Search (2 %) 
• RDKit Generate Coords (2 %) Streamable
• RDKit Add Hs (2 %) Streamable
• RDKit Canon SMILES (2 %) Streamable
• RDKit Descriptor Calculation (2 %) Streamable
• RDKit MCS (2 %) 
• RDKit Molecule Catalog Filter (2 %) 
• RDKit Molecule Substructure Filter (2 %) 
• RDKit To Molecule (2 %) Streamable
• RDKit SMILES Headers (2 %) 
• RDKit Substructure Counter (2 %) 
• Show all 38 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• Column Filter (12 %) Streamable
• Loop End (8 %) 
• GroupBy (8 %) 
• Unpivoting (8 %) 
• RDKit Canon SMILES (8 %) Streamable
• Feature Remover (4 %) 
• Murcko Scaffold (4 %) 
• Spotfire STDF File Writer (4 %) 
• Java Snippet (4 %) Streamable
• Column Aggregator (4 %) Streamable
• Constant Value Column (4 %) Streamable
• Joiner (4 %) 
• Column Rename (4 %) Streamable
• Sorter (4 %) 
• Interactive Table (local) (4 %) 
• Atom Signatures (4 %) 
• RDKit Generate Coords (4 %) Streamable
• RDKit Chemical Transformation (4 %) 
• RDKit From Molecule (4 %) 
• RDKit SMILES Headers (4 %) 
• Show all 20 recommendations

Workflows

• 06_​Find_​Scaffolds_​And_​Sidechains (KNIME Hub) 

Installation

To use this node in KNIME, install RDKit KNIME JUnit Test from the following update site:

Developers

You want to see the source code for this node? Click the following button and we’ll use our super-powers to find it for you.