RDKit R Group Decomposition

Does an R group decomposition for an input RDKit Mol column.

Options

RDKit Mol column

The column containing molecules

Core SMARTS

A SMARTS describing the core to use.

Options

RDKit Mol column

The column containing molecules

Core SMARTS

A SMARTS describing the core to use.

Input Ports

Data with SMILES or RDKit Molecule column

Output Ports

Table with R groups added

Best Friends (Incoming)

• Table Row to Variable (15 %) 
• RDKit From Molecule (8 %) 
• RDKit Molecule Highlighting (5 %) Streamable
• RDKit Substructure Filter (5 %) 
• R-Group Decomposer (3 %) 
• Table Column to Variable (3 %) 
• Column Rename (3 %) Streamable
• Molecule Type Cast (3 %) Streamable
• RDKit Find Murcko Scaffolds (3 %) Streamable
• Advanced MolConverter (2 %) 
• MarvinSketch (2 %) 
• MolConverter (2 %) Streamable
• Table Row To Variable Loop Start (2 %) 
• Generic Loop Start (2 %) 
• Group Loop Start (2 %) 
• Concatenate (2 %) Streamable
• Column Filter (2 %) Streamable
• Row Splitter (2 %) Streamable
• Row Filter (2 %) Streamable
• Reference Row Filter (2 %) 
• GroupBy (2 %) 
• Joiner (2 %) 
• Ungroup (2 %) Streamable
• SDF Reader (2 %) 
• CDK to Molecule (2 %) 
• Fingerprint Similarity (2 %) 
• 3D RMSD (2 %) 
• Substructure Search (2 %) 
• RDKit Generate Coords (2 %) Streamable
• RDKit Add Hs (2 %) Streamable
• RDKit Canon SMILES (2 %) Streamable
• RDKit Descriptor Calculation (2 %) Streamable
• RDKit MCS (2 %) 
• RDKit Molecule Catalog Filter (2 %) 
• RDKit Molecule Substructure Filter (2 %) 
• RDKit To Molecule (2 %) Streamable
• RDKit SMILES Headers (2 %) 
• RDKit Substructure Counter (2 %) 
• Show all 38 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• Column Filter (12 %) Streamable
• Loop End (8 %) 
• GroupBy (8 %) 
• Unpivoting (8 %) 
• RDKit Canon SMILES (8 %) Streamable
• Feature Remover (4 %) 
• Murcko Scaffold (4 %) 
• Spotfire STDF File Writer (4 %) 
• Java Snippet (4 %) Streamable
• Column Aggregator (4 %) Streamable
• Constant Value Column (4 %) Streamable
• Joiner (4 %) 
• Column Rename (4 %) Streamable
• Sorter (4 %) 
• Interactive Table (4 %) 
• Atom Signatures (4 %) 
• RDKit Generate Coords (4 %) Streamable
• RDKit Chemical Transformation (4 %) 
• RDKit From Molecule (4 %) 
• RDKit SMILES Headers (4 %) 
• Show all 20 recommendations

Workflows

• 06_​Find_​Scaffolds_​And_​Sidechains

Installation

To use this node in KNIME, install RDKit Nodes for Knime from the following update site: