R Snippet

RSnippet-Node extension for KNIME Workbench version 3.1.200.v201807180852 by Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG)

Options

Open external

If checked, R will be opened externally, the KNIME input will be loaded as data frame and the script will be available at the clipboard.

Scipt Editor/Unlink from Template

Gives access to the R script after adaptation by the GUI.

Scipt Editor/Edit Template

Gives access to the RGG script.

Templates/Refresh

Loads again the template file.

Templates/Gallery

Generate a temporary webpage shown in a browser which gives an overview about all available templates.

Templates/Description,Source

Description explains what this snippet does. Source displays the RGG script.

Templates/Use this template

Click to load the GUI (or double-click onto the template)

Chunk size to push incoming data

Number of columns to push as one data chunk to R. The default (-1) leads to data transfer without splitting the data in chunks.

Chunk size to pull result data

Number of rows to push as one data chunk to R. The default (-1) leads to data transfer without splitting the data in chunks.

Input Ports

A data table

Output Ports

The data table that the snippet returns

Best Friends (Incoming)

• R Snippet (10 %) Manipulator
• File Reader (8 %) SourceStreamable
• CSV Reader (8 %) Source
• Column Filter (8 %) ManipulatorStreamable
• Column Rename (5 %) ManipulatorStreamable
• RowID (4 %) ManipulatorStreamable
• R Snippet (4 %) Manipulator
• CSV Writer (3 %) SinkStreamable
• Database Reader (3 %) Source
• Table Creator (3 %) Source
• Rule-based Row Filter (3 %) ManipulatorStreamable
• Row Filter (3 %) ManipulatorStreamable
• R Source (Table) (3 %) Source
• Column List Loop Start (2 %) LoopStart
• Joiner (2 %) Manipulator
• Sorter (2 %) Manipulator
• Transpose (2 %) Manipulator
• Rule Engine (2 %) PredictorStreamable
• Spark to Table (1 %) 
• Table Row to Variable (1 %) Other
• Group Loop Start (1 %) LoopStart
• GroupBy (1 %) Manipulator
• Row Sampling (1 %) Manipulator
• Empty Table Creator (1 %) Source
• XLS Reader (1 %) SourceDeprecated
• Excel Reader (XLS) (1 %) SourceStreamable
• R Snippet (2:1) (< 1 %) Manipulator
• Octave Script (< 1 %) Other
• MolConverter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Table Reader (< 1 %) SourceStreamable
• Feature Selection Loop End (< 1 %) LoopEnd
• Chunk Loop Start (< 1 %) LoopStart
• Concatenate (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Column Combiner (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Number To String (< 1 %) Manipulator
• String To Number (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Insert Column Header (< 1 %) Manipulator
• Column Merger (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Column Rename (Regex) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Column Resorter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Cross Joiner (< 1 %) Manipulator
• Row Splitter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Reference Row Filter (< 1 %) Manipulator
• Normalizer (< 1 %) Manipulator
• Missing Value (< 1 %) Manipulator
• String Manipulation (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Statistics (< 1 %) Visualizer
• Data Generator (< 1 %) SourceStreamable
• Math Formula (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Weka Predictor (3.7) (< 1 %) Predictor
• Value Filter (< 1 %) QuickForm
• Integer Input (< 1 %) QuickForm
• Python Script (1⇒1) (< 1 %) ManipulatorDeprecated
• R to Table (< 1 %) Manipulator
• Star (< 1 %) 
• Example Data (< 1 %) Source
• Normalize Plates (NPI) (< 1 %) Manipulator
• Python Snippet (< 1 %) Source
• Fix Column Names (< 1 %) Manipulator
• URL to File Path (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Table Column to Variable (< 1 %) Other
• Table Row To Variable Loop Start (< 1 %) LoopStart
• Database Connection Table Reader (< 1 %) Source
• Java Edit Variable (< 1 %) Manipulator
• Loop End (< 1 %) LoopEnd
• SVM Predictor (< 1 %) PredictorStreamable
• Tree Ensemble Predictor (< 1 %) PredictorStreamableDeprecated
• Perl Scripting (< 1 %) Manipulator
• Concatenate (Optional in) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Cell Splitter (< 1 %) Manipulator
• Category To Number (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Domain Calculator (< 1 %) Manipulator
• Partitioning (< 1 %) Manipulator
• Pivoting (< 1 %) Manipulator
• Round Double (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Column Splitter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• String Replacer (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Parallel Chunk End (< 1 %) LoopEnd
• Counter Generation (< 1 %) Manipulator
• Excel Reader (XLS) (< 1 %) SourceStreamableDeprecated
• Java IF (Table) (< 1 %) Manipulator
• Bag of Words Creator (< 1 %) ManipulatorDeprecated
• Column Filter (< 1 %) QuickForm
• Image Properties (< 1 %) 
• Python Source (< 1 %) Source
• Moving Aggregation (< 1 %) Manipulator
• Show all 86 recommendations

Best Friends (Outgoing)

• R Snippet (13 %) Manipulator
• R Plot (9 %) Visualizer
• Open in R (7 %) Other
• R Snippet (2:1) (6 %) Manipulator
• Joiner (5 %) Manipulator
• R Snippet (5 %) Manipulator
• Column Filter (4 %) ManipulatorStreamable
• Table to Spark (3 %) 
• String Manipulation (3 %) ManipulatorStreamable
• CSV Writer (2 %) SinkStreamable
• GroupBy (2 %) Manipulator
• Transpose (2 %) Manipulator
• Table Row To Variable Loop Start (2 %) LoopStart
• Loop End (2 %) LoopEnd
• Concatenate (2 %) ManipulatorStreamable
• String To Number (2 %) ManipulatorStreamable
• Constant Value Column (2 %) ManipulatorStreamable
• Row Filter (2 %) ManipulatorStreamable
• Rule-based Row Filter (2 %) ManipulatorStreamable
• Interactive Table (2 %) Visualizer
• Table Difference Checker (2 %) Other
• Hive Loader (< 1 %) 
• Table to Spark (< 1 %) 
• Python Snippet (< 1 %) Source
• R Plot (< 1 %) 
• R Snippet (2:1) (< 1 %) 
• Convert to R (< 1 %) Manipulator
• Octave Script (< 1 %) Other
• MyManipulator (< 1 %) 
• Loop End (Column Append) (< 1 %) LoopEnd
• Number To Category (Apply) (< 1 %) Manipulator
• String To SVG (< 1 %) Manipulator
• Lag Column (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Partitioning (< 1 %) Manipulator
• Pivoting (< 1 %) Manipulator
• Missing Value (< 1 %) Manipulator
• Column Rename (< 1 %) ManipulatorStreamable
• RowID (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Statistics (< 1 %) Visualizer
• Box Plot (< 1 %) Visualizer
• Numeric Distances (< 1 %) Manipulator
• Math Formula (< 1 %) ManipulatorStreamable
• XLS Writer (< 1 %) SinkDeprecated
• Excel Writer (XLS) (< 1 %) Sink
• Strings To Document (< 1 %) ManipulatorStreamableDeprecated
• Distance Matrix to Network (< 1 %) Manipulator
• Add Table To R (< 1 %) Manipulator
• R View (Table) (< 1 %) Visualizer
• Table to R (< 1 %) Manipulator
• String to Date&Time (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Python Plot (< 1 %) Visualizer
• Variable to Table Column (< 1 %) OtherStreamable
• Database Writer (< 1 %) SinkStreamable
• Table Writer (< 1 %) Sink
• Counting Loop Start (< 1 %) LoopStart
• PNN Predictor (< 1 %) PredictorStreamable
• PCA Apply (< 1 %) Manipulator
• Logistic Regression Learner (< 1 %) LearnerDeprecated
• Column Appender (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Linear Correlation (< 1 %) Other
• Nominal Value Row Filter (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Normalizer (Apply) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• String Replace (Dictionary) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Unpivoting (< 1 %) Manipulator
• Value Counter (< 1 %) Other
• Rule Engine (< 1 %) PredictorStreamable
• End IF (< 1 %) Manipulator
• Send Email (< 1 %) Other
• Scatter Plot (< 1 %) Visualizer
• Color Manager (< 1 %) Visualizer
• Excel Sheet Appender (XLS) (< 1 %) Sink
• MultilayerPerceptron (3.7) (< 1 %) 
• SimpleCart (3.7) (< 1 %) 
• R Learner (< 1 %) Learner
• String to Date/Time (legacy) (< 1 %) ManipulatorStreamable
• Show all 75 recommendations

Workflows

• hitIdentification
• normalization

Update Site

To use this node in KNIME, install RSnippet-Node extension for KNIME Workbench from the following update site: