Icon

JKI_​012_​Obtaining_​a_​List_​of_​Human_​Genes_​via_​REST

JKI_012_Obtaining_a_List_of_Human_Genes_via_REST
課題12：RESTによるヒト遺伝子の一覧の取得レベル 中級説明 あなたはライフサイエンス企業でデータラングラーとして働き始めて1ヶ月が経ちます。生物学部の数人の同僚が、特定のホルモンに関連するヒト遺伝子のリストを取得したいと考えていますが、REST サービスや GET リクエストなどの使い方を知りません。あなたの仕事は、MyGene.info が提供する REST サービスを使用して、同僚から提供されたホルモンのリストに関連するヒト遺伝子のリストを取得することです。次に、JSON レスポンスを解析して、読みやすいテーブルにする必要があります。例えば、「http://mygene.info/v3/query?q=summary:」を使い、「insulin」を追加すると、リクエストは10件のヒット--それぞれ以下のフィールドを持つJSON構造を返すことになる。それぞれ、"_id", "_score", "entrezgene","name", "symbol", "taxid "のフィールドを持つ。そして、このJSONをパースして、"_id", "_score", "entrezgene", "name", "symbol", "taxid "のカラムを持つテーブルを作成しなければなりません。もし同僚から提供されたリストに複数のホルモンが含まれている場合、パースされたすべての情報を1つのテーブルに集約する必要があります。また、リクエストがJSONではなくXMLで応答を返すこともあります。XMLレスポンスもパースする方法を含めるにはどうしたらよいでしょうか？ 全行のqueriesURLをリクエスト必要なデータをリスト形式で取得検索用のURLを生成リストを分解してTable形式へXML形式だった場合のデモデータとしてJSONデータを変換XMLを解析してTable形式へ以下(ryホルモンのリストを作成表示項目を選定List_of_output.xlsxを出力list_of_hormones_example.csv GET Request JSON Path String Manipulation Ungroup JSON To XML XPath Table Creator Column Filter Excel Writer CSV Reader 課題12：RESTによるヒト遺伝子の一覧の取得レベル 中級説明 あなたはライフサイエンス企業でデータラングラーとして働き始めて1ヶ月が経ちます。生物学部の数人の同僚が、特定のホルモンに関連するヒト遺伝子のリストを取得したいと考えていますが、REST サービスや GET リクエストなどの使い方を知りません。あなたの仕事は、MyGene.info が提供する REST サービスを使用して、同僚から提供されたホルモンのリストに関連するヒト遺伝子のリストを取得することです。次に、JSON レスポンスを解析して、読みやすいテーブルにする必要があります。例えば、「http://mygene.info/v3/query?q=summary:」を使い、「insulin」を追加すると、リクエストは10件のヒット--それぞれ以下のフィールドを持つJSON構造を返すことになる。それぞれ、"_id", "_score", "entrezgene","name", "symbol", "taxid "のフィールドを持つ。そして、このJSONをパースして、"_id", "_score", "entrezgene", "name", "symbol", "taxid "のカラムを持つテーブルを作成しなければなりません。もし同僚から提供されたリストに複数のホルモンが含まれている場合、パースされたすべての情報を1つのテーブルに集約する必要があります。また、リクエストがJSONではなくXMLで応答を返すこともあります。XMLレスポンスもパースする方法を含めるにはどうしたらよいでしょうか？ 全行のqueriesURLをリクエスト必要なデータをリスト形式で取得検索用のURLを生成リストを分解してTable形式へXML形式だった場合のデモデータとしてJSONデータを変換XMLを解析してTable形式へ以下(ryホルモンのリストを作成表示項目を選定List_of_output.xlsxを出力list_of_hormones_example.csv GET Request JSON Path String Manipulation Ungroup JSON To XML XPath Table Creator Column Filter Excel Writer CSV Reader

Nodes

Extensions

Links

Download

To use this workflow in KNIME, download it from the below URL and open it in KNIME:

Download Workflow
Created by: paa7627
Created at: 2022-04-14
On NodePit since: 2022-04-17
Last update: 2024-05-01
Created with KNIME version: v4.4.1
Tags: justknimeit-12#justknimeit-12KNIMEST

Deploy, schedule, execute, and monitor your KNIME workflows locally, in the cloud or on-premises – with our brand new NodePit Runner.

Try NodePit Runner!