Icon

customizeJSNode

01_R-Group_Decomposition

This workflow demonstrates how to perform R-Group Decomposition using the RDKit community extension.
The workflow has several steps
I. Compute MCS.
II. Perform R-Group Decomposition.
III. Find how many molecules with each combination of the two selected R-groups are in the dataset.
IV. Visualize the results of the R-group decomposition.

SVGの可視化 HMLタグで可視化 PNGの可視化　画像表示できない カラムの抽出element edit不要行の削除入力データ91個の構造式が含まれている91個の化学構造式から80%共通している最大の骨格（母骨格）を抽出母骨格をRDkit分子に変換化学構造式を分解core:母骨格化学構造式をレンダリング母骨格を変数として次ノードに渡すRグループの画像を埋め込む列名の変更Rグループ分子レンダリングelement edit化学構造式をレンダリングelement editソート用カラムの作成ソートソート用カラムの削除出力対象の列名（String）をテーブル化出力対象の列名（String）をArray化出力対象の列名を単一カラムからレコードへ変換カラムの並び替え不要な列の削除出力対象の列名（String）をArray化レコードヘッダーを分離既存列名を新規列名に変更結果確認新規列名の行列入替既存・新規列名の結合既存ヘッダー行列入替 GenericJavaScript View Pivoting Java SnippetRow Filter Table Reader RDKit MCS RDKit From Molecule RDKit R-GroupDecomposition Renderer to Image Table Rowto Variable Embed images forthe R-groups Render to images Pick R-groups forvisualization GenericJavaScript View Renderer to Image GenericJavaScript View Java Snippet Sorter Column Filter Variable toTable Row Cell Splitter Ungroup ReferenceColumn Resorter ReferenceColumn Filter Cell Splitter ExtractColumn Header Insert ColumnHeader Table View Transpose Column Appender Transpose SVGの可視化 HMLタグで可視化 PNGの可視化　画像表示できない カラムの抽出element edit不要行の削除入力データ91個の構造式が含まれている91個の化学構造式から80%共通している最大の骨格（母骨格）を抽出母骨格をRDkit分子に変換化学構造式を分解core:母骨格化学構造式をレンダリング母骨格を変数として次ノードに渡すRグループの画像を埋め込む列名の変更Rグループ分子レンダリングelement edit化学構造式をレンダリングelement editソート用カラムの作成ソートソート用カラムの削除出力対象の列名（String）をテーブル化出力対象の列名（String）をArray化出力対象の列名を単一カラムからレコードへ変換カラムの並び替え不要な列の削除出力対象の列名（String）をArray化レコードヘッダーを分離既存列名を新規列名に変更結果確認新規列名の行列入替既存・新規列名の結合既存ヘッダー行列入替GenericJavaScript View Pivoting Java SnippetRow Filter Table Reader RDKit MCS RDKit From Molecule RDKit R-GroupDecomposition Renderer to Image Table Rowto Variable Embed images forthe R-groups Render to images Pick R-groups forvisualization GenericJavaScript View Renderer to Image GenericJavaScript View Java Snippet Sorter Column Filter Variable toTable Row Cell Splitter Ungroup ReferenceColumn Resorter ReferenceColumn Filter Cell Splitter ExtractColumn Header Insert ColumnHeader Table View Transpose Column Appender Transpose

Nodes

Extensions

Links

Download

To use this workflow in KNIME, download it from the below URL and open it in KNIME:

Download Workflow
Created by: daria_knime
Created at: 2020-04-16
On NodePit since: 2022-02-06
Last update: 2024-04-27
Created with KNIME version: v4.1.3
Tags: rdkitcheminformaticsr-group

Deploy, schedule, execute, and monitor your KNIME workflows locally, in the cloud or on-premises – with our brand new NodePit Runner.

Try NodePit Runner!