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JKI_​040_​Just_​KNIME_​It!_​Season_​Finale

JKI_040_Just_KNIME_It!_Season_Finale
metanodes of W1& W2 ChEMBL_ETL_01_Extract ChEMBL_ETL_02_Transform ChEMBL_ETL_03_Load おまけ：DB操作練習WF 課題40: Just KNIME It! シーズン最終回レベル: 難説明: #JustKNIMEIt の最初のシーズンの終了を記念して、このチャレンジは完全に無制限のチャレンジになります!適切と思われるニッチな操作を処理する再利用可能なコンポーネントを作成することをお勧めします!発想の参考に、コミュニティ コンポーネント コレクションを参照してください: ベスト プラクティス、 2021 年冬、 2022 年春、 2022 年夏。このチャレンジにさらにインスピレーションが必要ですか?正規表現のコンポーネントは楽しいかもしれませんが、正直なところ制限はありません。 解答者コメント: #JustKNIMEIt の最初のシーズン、最高のチャレンジでした。運営の皆さまに最大限の感謝を！適切と思われるニッチな操作を処理する再利用可能なコンポーネントを作成との事で、TeachOpenCADD-KNIMEを学習した方に、化合物データベースの利用体験もしていただきたくてこのWFを作りました。世界中で数人くらいはユーザーができたら嬉しいです。<参考> https://note.com/knimesupportteam/m/m041672f62384 Dataset filtered & formatted bybioactivity and SMILESNote: Database query can be slow.Dataset filtered by Lipinski's rule of fiveCa. 10s per 1000 molsLoad results*サンプルデータ"CHEMBL203"相対パスknime://knime.workflow/data/でWF内にある下記のSQLiteファイルを指定ChEMBLE_LocalDB.sqliteTeachOpenCADDのWFで取得したChEMBLデータを下記の通り分類上： T_COMPOUND: 化合物情報中： T_ASSAYS: 評価試験情報下：　T_ACTIVITIES: 測定値情報LocalDBへ下記の通り登録上： T_COMPOUND: 化合物情報中： T_ASSAYS: 評価試験情報下：　T_ACTIVITIES: 測定値情報登録済みIDのデータは上書き更新IDがないと新規登録T_COMPOUNDとT_ACTIVITIESSQL処理結果閲覧：活性データ一覧T_ASSAYSのデータ追加IC50値のみに絞り込み各アッセイの評価数やレンジの集計SQL処理結果閲覧：アッセイ一覧 Table編集用誤って編集しないように"Fail during execution if table already exists"としてあるので必要に応じて設定を変更T_COMPOUND相対パスknime://knime.workflow/data/でWF内にある下記のSQLiteファイルを指定ChEMBLE_LocalDB.sqliteT_ACTIVITIEST_ASSAYS 1. Data acquisitionfrom ChEMBL Input targetChEMBL ID 2. Molecular filtering: ADMEand lead-likeness criteria Get activitiescount Get activities Table Reader(deprecated) SQLite Connector ChEMBL_Data_Transform_JKI_040 ChEMBL_LocalDB_Registration_JKI_040 DB Joiner DB Reader DB Joiner DB Query DB GroupBy DB Reader DB Table Creator DB Table Selector SQLite Connector DB Table Selector DB Table Selector metanodes of W1& W2 ChEMBL_ETL_01_Extract ChEMBL_ETL_02_Transform ChEMBL_ETL_03_Load おまけ：DB操作練習WF 課題40: Just KNIME It! シーズン最終回レベル: 難説明: #JustKNIMEIt の最初のシーズンの終了を記念して、このチャレンジは完全に無制限のチャレンジになります!適切と思われるニッチな操作を処理する再利用可能なコンポーネントを作成することをお勧めします!発想の参考に、コミュニティ コンポーネント コレクションを参照してください: ベスト プラクティス、 2021 年冬、 2022 年春、 2022 年夏。このチャレンジにさらにインスピレーションが必要ですか?正規表現のコンポーネントは楽しいかもしれませんが、正直なところ制限はありません。 解答者コメント: #JustKNIMEIt の最初のシーズン、最高のチャレンジでした。運営の皆さまに最大限の感謝を！適切と思われるニッチな操作を処理する再利用可能なコンポーネントを作成との事で、TeachOpenCADD-KNIMEを学習した方に、化合物データベースの利用体験もしていただきたくてこのWFを作りました。世界中で数人くらいはユーザーができたら嬉しいです。<参考> https://note.com/knimesupportteam/m/m041672f62384 Dataset filtered & formatted bybioactivity and SMILESNote: Database query can be slow.Dataset filtered by Lipinski's rule of fiveCa. 10s per 1000 molsLoad results*サンプルデータ"CHEMBL203"相対パスknime://knime.workflow/data/でWF内にある下記のSQLiteファイルを指定ChEMBLE_LocalDB.sqliteTeachOpenCADDのWFで取得したChEMBLデータを下記の通り分類上： T_COMPOUND: 化合物情報中： T_ASSAYS: 評価試験情報下：　T_ACTIVITIES: 測定値情報LocalDBへ下記の通り登録上： T_COMPOUND: 化合物情報中： T_ASSAYS: 評価試験情報下：　T_ACTIVITIES: 測定値情報登録済みIDのデータは上書き更新IDがないと新規登録T_COMPOUNDとT_ACTIVITIESSQL処理結果閲覧：活性データ一覧T_ASSAYSのデータ追加IC50値のみに絞り込み各アッセイの評価数やレンジの集計SQL処理結果閲覧：アッセイ一覧 Table編集用誤って編集しないように"Fail during execution if table already exists"としてあるので必要に応じて設定を変更T_COMPOUND相対パスknime://knime.workflow/data/でWF内にある下記のSQLiteファイルを指定ChEMBLE_LocalDB.sqliteT_ACTIVITIEST_ASSAYS 1. Data acquisitionfrom ChEMBL Input targetChEMBL ID 2. Molecular filtering: ADMEand lead-likeness criteria Get activitiescount Get activities Table Reader(deprecated) SQLite Connector ChEMBL_Data_Transform_JKI_040 ChEMBL_LocalDB_Registration_JKI_040 DB Joiner DB Reader DB Joiner DB Query DB GroupBy DB Reader DB Table Creator DB Table Selector SQLite Connector DB Table Selector DB Table Selector

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Created by: katsu
Created at: 2022-10-28
On NodePit since: 2022-10-30
Last update: 2024-04-18
Created with KNIME version: v4.4.4
Tags: justknimeit-40#justknimeit-40KNIMESTCongratulations!

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